TCGA下载相关资料(update-1/3)

5.ICGC数据库如何下载癌症数据

2019年12月21日11:55:18

4.一文搞懂TCGA中的分析结果如何来

介绍TCGA数据库结果，如何处理得到的。

3.MAF格式及其TCGA样本编号

• MAF:Mutation Annotation Format格式简介

  Annotated Somatic Mutation, 体细胞突变的注释文件，格式为VCF, 采用VEP软件进行注释，文件后缀为vep.vcf.gz
  Raw Simple Somatic Mutation, 体细胞突变的原始文件，格式为VCF, 文件后缀为vcf.gz
  Aggregated Somatic Mutation, protected的突变注释文件，需要账号和权限才可以下载，格式为MAF, 文件后缀为maf.gz
  Masked Somatic Mutation, open access的突变注释文件，免费下载的，格式为MAF, 文件后缀为maf.gz

• TCGA癌症类型和样本代号解析
  

  image.png

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2.知乎专栏 zeroing

• TCGA数据库的利用（一）—— 数据下载！
• TCGA数据库的利用（二）—— 数据处理！
• TCGA数据库的利用（三）—做差异分析的三种方法！

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1.百味科研芝士

• 手把手学习TCGA数据库：SNP突变分析第一期

• 手把手学习TCGA数据库：SNP突变分析第二期

• 手把手学习TCGA数据库：SNP突变分析第三期

• 手把手学习TCGA数据库：SNP突变分析第四期

• 手把手学习TCGA数据库：SNP突变分析第五期

• 手把手学习TCGA数据库：SNP突变分析第六期

• 手把手学习TCGA数据库：SNP突变分析第七期

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