《基因调控的机制》章3--基础转录机器

关键概念

• 核心启动子是TSS 周围±50 bp 的基因组区域。它们包含所有必需的转录因子结合位点，以允许组装基础转录机制并将 Pol II 置于正确的位置以开始转录。

• TATA 盒是一个原型转录因子结合位点，它的共有序列是 TATAWADR，它被 TFIID 亚基 TBP 的同源二聚体特异性识别。

• TBP 与大约 20 个 TAF 结合形成多蛋白复合物 TFIID，它与 TATA 盒和核心启动子的其他序列元件结合。 DNA 结合的 TFIID 是其他基础转录因子和 Pol II 的标记，以便在该位置以有序的方式组装。

• 只有 10-20% 的哺乳动物核心启动子带有功能性 TATA 盒。核心启动子的替代结合位点是 Inr、DPE 和 BRE 位点。然而，大约 60% 的人类核心启动子位于 CpG 岛附近，可能由转录因子 SP1 引导。

• TFIID 复合物的结构分析表明其表面（TBP、TAF1 和 TAF4）具有许多基因组 DNA 接触点。此外，它还为与其他蛋白质的相互作用提供了许多，例如其他基础转录因子、Pol II 和介体复合物的成员。

• ChIP-seq 分析确定了与活性基因的 TSS 区域结合的 Pol II。此外，Pol II 还与增强子区域相关，表明远端结合转录因子通过蛋白质-蛋白质相互作用与基础转录机制连接。

• sharp的核心启动子更可能包含 TATA 盒，而广泛的启动子通常靠近 CpG 岛。此外，尖锐启动子似乎优先用于组织特异性表达，而广泛启动子通常与普遍表达的基因相关。

• 大多数人类蛋白质编码基因有不止一个TSS 区域。这些替代启动子通常用于不同的环境或组织，以产生明显有助于人类蛋白质组复杂性的不同蛋白质产物。

• 介体复合体通过向基础转录机制提供校准输出来整合大量信号。

• 介体复合体的头部和中间模块参与与基础转录机制的相互作用，而尾部模块的亚基与各种转录因子相互作用。激酶模块与 Pol II 相互作用，在没有该模块的情况下，介体复合物充当阻遏物。

• 介体复合体似乎是一个信号分选中心，参与调节几乎所有人类基因的转录，同时介导大多数转录因子的反式激活效应。