SRA toolkit

2021-01-12 本文已影响0人曲凉不见

下载

wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.9/sratoolkit.2.10.9-centos_linux64.tar.gz
放在自己喜欢的文件夹里，比如/data/people/software

解压、修改环境变量以调用

解压
tar zxvf sratoolkit.2.10.9-centos_linux64.tar.gz
程序在bin文件夹里，修改环境变量
vi ~/.bash_profile
在这个文件里添加一行
export PATH=$PATH:/data/people/software/sratoolkit.2.10.9-centos_linux64/bin
保存修改
先后点esc --> : --> w --> q -->回车

假设要下载SRR1234567

prefetch SRR1234567 --output-directory /data/people/data/directory
是把数据下载到指定文件夹里

要是批量下载，可以自己生成一个文件，假设文件叫prefetch.sh,里面内容是：

prefetch SRR6370525 --output-directory ./
prefetch SRR6370526 --output-directory ./
prefetch SRR6370527 --output-directory ./
prefetch SRR6370528 --output-directory ./
prefetch SRR6370529 --output-directory ./
prefetch SRR6370530 --output-directory ./
prefetch SRR6370531 --output-directory ./

nohup sh prefetch.sh &
点一下回车，再点一下回车，就可以自动后台下载了

查看下载进度

jobs

拆分文件

fastq-dump --split-files SRR6370525 --outdir xxx
拆分到xxx文件夹，拆成-1和-2两个fastq文件