2018/12/24——在拟南芥中PRC2减缓ABA诱导衰老的过

2018-12-24  本文已影响107人  热衷组培的二货潜

放在最前面的话: 由于每次做完文献汇报以后,不久回头去看的时候又是以偷懵逼,于是在此记录文献的内容。

文献链接

简单介绍一下文章相关背景

1、目前主要研究的表观修饰有组蛋白修饰、DNA甲基化修饰、RNA甲基化修饰。
2、拟南芥中,H3K27me3修饰的writer主要是PRC家族的PCR2中四个组分中的CLF/SWN/MEA三个基因,在之前研究较多的是PRC2在生长发育的各个过程。

Mechanisms of Polycomb gene silencing: knowns and unknowns
Polycomb Group Complexes Mediate Developmental Transitions in Plants

3、于最近对PRC2参与对外界胁迫响应的过程中发挥的作用也逐渐增多,在13年的GB中,发现对拟南芥的根进行高渗透胁迫, H3K27me3修饰是变化最明显的。在14年的的MP中,当 clf 突变后,原本在野生型中外缺水胁迫没有什么变化的基因AGAMOUS在缺水后表达量明显下降,随着复水的过程表达量又回到原来的水平,但是在这个过程中H3K27me3并没有发生明显的变化。

Hyperosmotic priming of Arabidopsis seedlings establishes a long-term somatic memory accompanied by specific changes of the epigenome
H3K27me3 and H3K4me3 chromatin environment at super-induced dehydration stress memory genes of Arabidopsis thaliana.

4、在上面提到的MP文中发现了五个具有超强表观记忆的基因,在野生型状态下当第二次胁迫再一次来临时候,能使这几个基因的表达量诱导更高。当将clf突变之后,其中有三个基因诱导的幅度比在野生型状态更高,但是没有记忆功能的基因RD29A不论是在野生型中还是突变体中对胁迫再次来临并没有什么大的变化。
5、 干旱胁迫诱导ABA浓度升高。响应于ABA,ABA受体基因PYL9抑制PP2C活性,导致SnRK2的活化。活化的SnRK2s通过磷酸化KAT1,SLAC1和SLAH3促进气孔关闭,这是一种减少蒸腾水分流失的快速反应。活化的SnRK2通过磷酸化RAV1和ABF促进叶子衰老,这反过来上调NAC转录因子ORE1,ORS1和AtNAP的表达,提高数百个SAG的表达。除ABA外,乙烯信号传导还通过EIN3上调NAC表达促进衰老。叶片衰老促进从衰老叶片到下沉组织的碳水化合物和氮的再活化,这有助于渗透组织(sink tissues)中的渗透势(Ψπ)减少和衰老叶片中渗透调节能力的丧失。活化的SnRK2还通过磷酸化ABF和其他SnRK2底物来促进生长抑制和休眠,并减少由生长引起的水耗竭。生长抑制和休眠也有助于渗透组织中的Ψπ减少和植物中Ψπ梯度的形成,这导致水优先移动到渗透组织,从而增加抗旱性。

ABA-dependent and ABA-independent signaling in response to osmotic stress in plants.
ABA receptor PYL9 promotes drought resistance and leaf senescence

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6、于16年做乙烯方面的巨牛 Ecker JR 在Science上发文,鉴定到了ABA相关的21个转录因子,并构建了调控网络,本文作者利用这些ChIP-seq数据对自己实验结果进行了佐证。

A transcription factor hierarchy defines an environmental stress response network

7、16年Plos G上发现H3K27me3富集的motif中有ABA一些响应的ABI3结合的motif

Arabidopsis Flower and Embryo Developmental Genes are Repressed in Seedlings by Different Combinations of Polycomb Group Proteins in Association with Distinct Sets of Cis-regulatory Elements

8、本文的研究思路

正文部分

最后,本文虽然很多地方都存在槽点,但是本文充分的利用之前已发表的数据来扩展开自己的project,做到了数据挖掘,我们普遍是产生数据,很少去挖掘已发表的数据来扩展自己的课题。尽管挖掘数据这个过程很难,但是只要踏出了这一步,有了一次的经验,加上本身的一定的文献积累,相信最后一篇文章挖掘下来,不求高,还是很快的。

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