掌握了R基本的一些概念，今天咱们来简单了解下R包，R包安装、加载与更新

安装R包的几种方式

从CRAN中安装R包

首先是修改镜像，本身就在镜像范围内的就不用了，修改清华镜像站

site="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN"
install.packages("ggplot2", repo=site)  #单个包安装

install.packages(c("WGCNA", "factoextra"))
install.packages(c("ggplot2", "pheatmap","ggpubr"))  #多个包安装

ins_pac = c("DO.db", "fgsea", "qvalue", "ggforce", "DOSE", "ggraph", "GOSemSim", "biomaRt", "enrichplot", "GenomicFeatures", "gridBase", "rtracklayer", "TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene")
install.packages("ins_pac", repo=site)   #也完全可以多个R包批量安装

安装bioconductor包

这里不推荐使用biocLite()进行安装了，据说是可能会不安全哈，个人也碰到几次报错的情况，先安装BiocManager这个CRAN包，然后直接使用BiocManager::install()进行安装

install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(c("GSEABase","GSVA","clusterProfiler" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("GEOquery","limma","impute" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("genefu","org.Hs.eg.db","hgu133plus2.db" ),ask = F,update = F)
BiocManager::version()  #使用version()查看Bioconductor版本

安装github中的包

# 下载ggvegan包
library("devtools")
install_github("joey711/phyloseq")
devtools::install_github("gavinsimpson/ggvegan")

# 判断devtools工具是否存在，选择是否需要安装，因为很大。
require(devtools)
install_github("ggvegan")
if (!requireNamespace("devtools", quietly = TRUE))
  install.packages("devtools")
devtools::install_github("calligross/ggthemeassist")

# 安装开发版(连github不稳定有时间下载失败，多试几次可以成功)
devtools::install_github("phyloseq", build_vignettes = TRUE)

# 安装新功能最优版
devtools::install_github("phyloseq", ref = "optimization")

# 安装固定版本的包
install_version("igraph", version = "0.6.5", repo="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")

# 当不记得github仓库号之后，使用下面包githubinstall安装github包
install.packages('gdtools') #已发布至CRAN
library(githubinstall)

# 如果以上都还没有解决您的问题，还有办法我们下载github上的包，可能经常性的打不# 开，R中无法下载，甚至手动克隆都有可能随时中断。
# 无法下载得到github包，或者无法安装后，将github包手动下载下来，解压之后定位文件夹名称后安装
install.packages("C:/Users/xiaoqi/Desktop/hrbrthemes-master/", repos = NULL, type = "source")
install.packages("C:/Users/xiaoqi/Desktop/microbiomeutilities-master/", repos = NULL, type = "source")
library(microbiomeutilities)

R语言载入包

.cran_packages <-  c("ggplot2", "gridExtra")
.bioc_packages <- c("dada2", "msa", "phyloseq")
# Load packages into session
sapply(c(.cran_packages, .bioc_packages), require, character.only = TRUE)

定期升级R及所有R包

# 升级R的版本
install.packages("installr")
library(installr) #按着提示点击完就升级完啦
# 升级所有R包
install.packages("rvcheck")
library(rvcheck)
update.packages()
update_all()

查看默认载入的包

getOption("defaultPackages")   #查看启动R时自动载入的包。
.libPaths()   #查看包的安装目录
library()   #查看已经安装的包目录

查看R中已经载入的包

sessionInfo()   #查看R中载入的包

查看"package"中的所有对象

ls("package:package")   #查看"package"中的所有对象

最后附上生信技能树教程里面的成熟一套安装代码，里面大部分R包都是医生做科研能用上的哈

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
if(! require("devtools")) install.packages("devtools")
if(! require("reshape2")) install.packages("reshape2")
if(! require("ggplot2")) install.packages("ggplot2")
if(! require("pheatmap")) install.packages("pheatmap")
if(! require("ggfortify")) install.packages("ggfortify")
if(! require("stringr")) install.packages("stringr")
if(! require("survival")) install.packages("survival")
if(! require("survminer")) install.packages("survminer")
if(! require("lars")) install.packages("lars")
if(! require("glmnet")) install.packages("glmnet")

if(! require("timeROC")) install.packages("timeROC")
if(! require("ggpubr")) install.packages("ggpubr")

if(! require("randomForest")) install.packages("randomForest")
if(! require("ROCR")) install.packages("ROCR") 
if(! require("Hmisc")) install.packages("Hmisc")

if(! require("caret")) install.packages("caret")
# if(! require("genefilter")) install.packages("genefilter")
if(! require("ggstatsplot")) install.packages("ggstatsplot")

### 下面的包是为了临床三线表
if(! require("tableone")) install.packages("tableone")
## 网络不好，就不要安装了。
## 而且Windows电脑安装 rJava 也经常是需要人指导的。
# https://github.com/rstudio/rstudio/issues/2254
if(! require("rJava")) install.packages("rJava")
if(require('rJava')){

  # https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ReporteRs/
  if(! require("ReporteRs")) install.packages("ReporteRs")
  devtools::install_github('davidgohel/ReporteRsjars')
  devtools::install_github('davidgohel/ReporteRs')
}


library(devtools) 
source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
## 如果你的网络实在是太差，试试看：
# install.packages("BiocInstaller",repos="http://bioconductor.org/packages/3.7/bioc")  
## 很可惜你在中国大陆，不得不承受这个痛苦。

options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 
library('BiocInstaller')
if(! require('edgeR')){

  BiocManager::install(c('airway','DESeq2','edgeR','limma'))
}

if(! require("CLL")) BiocManager::install("CLL")
if(! require("org.Hs.eg.db")) BiocManager::installe('org.Hs.eg.db')
library(BiocInstaller)
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
if(! require("maftools")) BiocManager::install("maftools")
if(! require("RTCGA")) BiocManager::install("RTCGA")
if(! require("RTCGA.clinical")) BiocManager::install("RTCGA.clinical")
# https://bioconductor.org/packages/3.6/data/experiment/src/contrib/RTCGA.clinical_20151101.8.0.tar.gzn
if(! require("RTCGA.miRNASeq")) BiocManager::install("RTCGA.miRNASeq")
if(! require("maftools")) BiocManager::install("maftools")
if(! require("genefilter")) BiocManager::install("genefilter")


# Then from : https://github.com/ShixiangWang 
# You don't need run the codes below, I will explain to you face to face.

source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
packs = c("devtools", "reshape2", "ggplot2", "pheatmap", "ggfortify", "stringr", "survival",
          "survminer", "lars", "glmnet", "timeROC", "ggpubr", "randomForest", "ROCR", "genefilter",
          "Hmisc", "caret", "airway","DESeq2","edgeR","limma", "CLL", "org.Hs.eg.db", "maftools")
if(! require(pacman)) install.packages("pacman", dependencies = TRUE)
pacman::p_load(packs, dependencies=TRUE, character.only = TRUE)
# check
pacman::p_loaded(packs, character.only = TRUE)
all(pacman::p_loaded(packs, character.only = TRUE))

作者：解琪琪
链接：https://www.jianshu.com/u/bcb81276c29d
来源：简书
参考学习资源：R包安装大全-番外篇一
史上最贴心R包安装示范视频
不用biocLite安装Bioconductor包
R-3.5.0发布，又该升级了
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