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2020-05-04  本文已影响0人  鬼孑孓

1.利用R包TCGAbiolinks进行各种数据下载

2.RNA-seq的counts,RPM, RPKM, FPK值到底有什么区别?

RPKM与FPKM的区别:RPKM值适用于单末端RNA-seq实验数据,FPKM适用于双末端RNA-seq测序数据。

RPKM/FPKM适用于基因长度波动较大的测序方法,如lncRNA-seq测序,lncRNA的长度在200-100000碱基不等。


3.通过整理TCGA数据,探索某癌症的癌组织和正常组织的差异基因。

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