16个常用生物信息在线工具

韦恩图

工具：Venny2.0

地址：http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html

image.png

基因预测

工具：FGENESH

地址：http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfind

image.png

phylogenetic

工具：iTOL

地址：http://itol.embl.de/index.shtml

image.png

启动子区预测

工具：Promoter Scan

地址：http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/

image.png

蛋白质一级结构分析

工具：PredictProte

地址：https://www.predictprotein.org/home

image.png

工具：ExPASy-ProtParam tool

地址：http://web.expasy.org/protparam/

image.png

信号肽

工具：SignalP

地址：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

image.png

跨膜结构域

工具：TMHMM Server v. 2.0

地址：http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/

image.png

蛋白质亚细胞定位

工具：PSORT II Prediction

地址：http://psort.hgc.jp/form2.html

image.png

蛋白质三级结构预测

工具：SWISS-MODEL

地址：http://swissmodel.expasy.org/interactive

image.png

短序列拼接

工具：Cap3

地址：http://doua.prabi.fr/software/cap3

image.png

多序列比对相似性展示

工具：SimiTriX-SimiTetra

地址：http://cotton.hzau.edu.cn/EN/tools/BioERCP/simitrix.php

image.png image.png

绘制GO注释结果

工具：WEGO（Web Gene Ontology Annotation Plotting）

地址：http://wego.genomics.org.cn/cgi-bin/wego/index.pl

image.png

蛋白质domain

工具：Pfam database

地址：http://pfam.xfam.org/

image.png

基因组杂合性评估

工具：GenomeScope（Estimate genome heterozygosity, repeat content, and size from sequencing reads using a kmer-based statistical approach）

地址：http://qb.cshl.edu/genomescope/analysis.php?code=example2

image.png

circos****图

工具：CIRCOS（可以用来画基因组数据的环状图，也可以用来绘制其它数据的相关环状图。）

地址：http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/

image.png

1. 需要注意的是上传数据格式为空格或tab分隔的txt格式纯文本列表文件，值均为非负整数，若存在缺失值，用“-”线代替，若有小数，每一个单元格乘以某一值（如1000），化为整数，且每个单元格中只能有数字，其他任何符号都不行，除了缺失的“-”，（1555，而不是1555）。

2. 在线版只能绘制75阶方阵数据，若需要绘制较复杂的请下载Circos and use the tableviewer tool。

3. 每一个标签所对应半圈的总长度为这一标签所对应的所有值的和，不同半圈间连线表示这两标签所表示的值。