【陪你学·生信】生信能帮我们做什么（2）

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【陪你学·生信】生信能帮我们做什么（1） - 简书

2. 分析DNA序列

利用生信工具可以从数据库中提取DNA序列；计算核苷酸组成；识别限制性酶切位点；设计PCR引物；识别开放阅读框（ORFs）；预测DNA或RNA的二级结构元件；寻找序列中的重复；计算多序列的最佳比对方式；发现基因中的多态位点（单核苷酸多态性，SNPs）；拼接组装（assembling）序列片段等。

一些关于DNA序列的小知识和注意

（1）顺序：由5‘端到3’端

（2）序列两端：5‘端有磷酸基团，3’端是羟基。

（3）DNA是双链，当我们处理序列的时候往往看其中一条链，但是要记得它是双链的。绝大多数工具在分析的时候都会将两条链考虑进去，但是有的工具只会分析你输入的序列，不会考虑它的互补链，这时候不要忘记手动分析另一条链，让结果更加完整。

3. 分析RNA序列

一些关于RNA的小知识

（1）与DNA在核苷酸组成上不同，DNA中的T，在RNA中对应U。但是有一些软件在分析RNA序列时，仍然出现T，其实是U的意思。而且因为RNA序列是DNA编码的，所以人们也更倾向直接分析它们对应的DNA序列，而不是RNA。

（2）虽然RNA是单链，但是它的碱基依然互补并形成各种不同的结构，从而发挥不同的功能。近年生信不断发展新的工具来预测RNA结构。

4. 分析全基因组序列

全基因组测序开启了基因组学，全基因图谱的时代。与早期逐个基因研究相比，现在无需任何前期知识依据，测序的同时就可以对其注释，通过一系列生信分析，了解生物的未知信息。

利用生信我们可以分析与特定基因组有关的序列；解析微生物基因组序列（ORFing）；解析真核基因组序列（GenScan）；寻找直系同源和旁系同源基因；寻找基因组中的重复并分析基因组基本特征等。