bedgraph, wig, bigwig 学习之bedGrap

一：前言
最近师兄给我布置了一个小任务：把bedgraph文件转成bigwig形式，然后拖到IGV里去看看。
原因：由于bedgraph 的文件比较大，可以转成比较小的文件才方便进行操作。比如说bigwig.（小问题：为什么bigwig而不是wig捏？）
bedgraph, wig, bigwig的格式了解一下？？？

1：bedgraph 主要是来源于bed文件，包含了bed文件的信息.

UCSC bedgraph的 解释
重点： bedgraph文件里面得包含4种信息

举一个栗子。打开一个bedgraph的文件：能看到很多信息

bedgraph示例

bedgarph文件记录的信息由以下几个部分组成：

chr    start  position    end position   value
染色体   起始位置       终止位置         值

bedgraph 文件包含了trak信息，以及value值（如果是负数的话可能是副链上的值的信息）

UCSC bedgragh文件的例子
2：关于bed文件
BED文件 要求的最基本的是染色体信息，起始位置，终止位置。
如果要记录的更加详细的话可以有后面的选项
bed文件的说明，来自emble
3：wig文件信息
包括了染色体的长度，步长是多少，span是多少。（有多少个一样的位点的value是多少个，方便压缩信息）
wig的基本信息
4：bigwig
bigwig是wig文件的二进制形式，为了压缩文件大小的
但是为了建立这个二进制的形式，是必须要提供参考基因组大小的也就是chromsize的文件信息的

5：报错信息

报错信息
这个报错信息说，我的bedgraph的区域有超区的现象
代码看红框框里的：
代码信息
这里要求必须得有chromsize的文件信息！！！！
思考：我们可以根绝bedgraph信息直接算出来bigwig的信息，但是为什么要chromsize的文件呢？
感谢小伙伴的指点@UnderStorm
， 在这个步骤中，它是先转成wig文件，再根据wig文件再转成bigwig文件进行压缩。
回到刚才的问题：
既然存在的超区的问题，我回去检查了一下bgh的文件信息，根据报错的那一栏，发现bedgraph那一行的信息不准确。

Reference：
UCSC的bedgraph说明文档 http://www.genome.ucsc.edu/goldenPath/help/bedgraph.html
ensembl 的说明文档 http://asia.ensembl.org/info/website/upload/bed.html
生信技能树wig、bigWig和bedgraph文件详解 http://www.bio-info-trainee.com/1815.html