chipseq三种分析工具

masc2 DROMPAplus HOMER
使用体验：
1.HOMER最完整，不需要和其他工具配合就能完成callpeak和注释，注释文件也自带提供，支持自建。相比之下其他两者主要是提供callpeak，注释需要和其他工具配合，较为复杂。其中masc2功能最单一，向画图都需要用其他工具，DROMPAplus提供画图结果，但是提供的类型也较单一。
2.HOMER能找到最多的peak，masc2 和 DROMPAplus结果非常一致，但是他们找到的peak少于HOMER。
3.HOMER运行中给出的信息很全，方便观察。
总之，在不清楚三者原理的情况下HOMER的使用体验最好，工具完整且每一步的输出信息全面，其他两个参数都太少，信息给的也少。