生信星球培训第五十期

《学习小组Day3笔记--加菲猫》

2020-04-05  本文已影响0人  加菲猫oudi

Hello:Conda

第三天了,我们跟着\color{red}{花}\color{green}{花},从初期的

磨刀不误砍柴工:安装各种神奇生产力软件(Typora) 以及优秀网站(幕布
让我们的学习高效、简洁
再到昨天的初识 Linux 此处应有小🐧

自家🐧
熟悉了Linux系统中一些高频使用的命令语句,今天花花又为我们打开了Linux的宝库 Conda,常规进入What is Conda?

什么是 Conda

conda是一个开源的,跨平台的,可管理任何语言(Python,R,Scala,Java,Javascript,C/C++,FORTRAN)的包管理器,你可以把conda当成一个工具包,也可以看成是一个命令,事实上,就把它当成命令来使用了。在conda环境中,你可以快速查找定位已经安装的模块,可以创建一个新的环境,也可以随时更新安装包。注意,在conda中,一个很重要的概念就是任何东西都是以包的形式来对待的,连python,conda本身也是,所以你可以随时安装更新这些工具。[1]

Conda 类似于一个工具箱,里面装着许多工具盒(各种语言),工具盒中有许多小工具(各种软件)

下载

作为一个初级用户,使用miniconda足够我去进行操作和体验了,具体的安装教程也有大把,我在本次课程中,直接到 miniconda 清华下载。此处注意看好自己的系统,看好文件后缀有两种:

  1. .exe
  2. .sh
    我自己一开始下载了 .exe,然后发现不会安装,再仔细看了下载包的后缀,找到了.sh,但是没看准 选了Mac .....最后痛改前非,终于完成下载、安装。
    对于 .exe应该如何去安装,我要再去研究,现在时间有点紧张。
    服务器位数
    安装成功
    激活 开始Conda

安装软件

开头以经介绍过,Conda本身也是一个package,安装 fastqc
时,使用了

conda install fastqc

,其中-y好用,省去了安装中不断地敲击yes的麻烦;
安装完了开始卸载,心疼流量1秒。

conda remove fastqc -y

在这里遇到了点小疑问,就是我一开始运行这个命令时,看到一段安装程序的提示信息

小问题
原因似乎还没有解决,还是时间,此时还在产科值班中。。。。
这个是群里的小伙伴提出来的,我才引起重视,向花花老师请教,花花老师提醒:\color{#FF0000}{卸载小环境里的程序时,需要进入小环境},
自己试了一把:
miniconda/bin 中安装的fastqc 在 miniconda/bin 这个小环境中卸载 在miniconda/bin ls 后,不见fastqc
通过上面的探索,也证实了花花老师说的。
在讨论中,也谈到了 环境文件夹的区别,我会在下一节课程中聊一下我的理解。

\color{red}{T}\color{green}{H}\color{blue}{X}


  1. 以上来自Python版本管理利器——Conda

上一篇 下一篇

猜你喜欢

热点阅读