24nt siRNA与甲基化关联分析

简介：small RNA测序分析结果 与 WGBS测序分析结果 联合分析

1. 全基因组层面

全基因组上固定bin长，统计每个bin平均甲基化水平（CG、CHG、CHH）与该bin内small RNA（21、22、24nt）个数；散点图

 结论：24nt siRNA count数与CHH甲基化水平存在正相关关系。

方法：展示单个样品；CX_report、siRNA bed文件

BSsiRNA wholegeommeview –CX - beddir

首先分bin统计水平和个数

2. 染色体层面

染色体分bin统计

CG、CHG、CHH甲基化密度；21、22、24nt siRNA密；Gene密度；TE密度

Circos图

染色体标尺中如果可以，将着丝粒区域标红

结论：同上

方法：CX_report、stat文件、siRNA bed文件、transcript bed、repeat bed文件

BSsiRNA chrview –CX –Stat –beddir

3. 功能区域层面

1）genebody与TE-body及上下游区域甲基化水平分布---折线图

genebody与TE-body及上下游区域24nt siRNA数目分布---折线图

2）有24nt siRNA cover的TEs甲基化水平分布图---折线图

CHH hyper/hypo DMR上24nt siRNA数目统计

结论：24nt siRNA与CHH甲基化，同上

 方法：CX_report、repeat + up+down bed、genebody + up_down bed、siRNA bed

BSsiRNA regionview –CX –beddir 

4. 位点层面

1）有/无24nt siRNA cover的基因组区域上CG CHG CHH序列环境下mC位点/C位点比例---柱形图（可进行Fisher’s exact test）

2）24nt siRNA及其侧翼10bp A T C G碱基[来自small数据]及正负链上mC位点数目[来自甲基化数据]分布图

结论：同上

方法：stat文件、siRNA bed、siRNA reads

BSsiRNA –stat –beddir