TBtools | ChIPseq/DAPseq数据分析，从原始
“你就那么有时间？”
当然不是。端午三天假期，分别推出了三个插件：
- 基因组测序数据读段回贴
- SAM/BAM/CRAM Sort & Mark Duplicates
- Variant Calling & Filtering
至于这些插件为什么要写？前面也已经提过。
一者是，分子辅助育种，已是常见育种手段，我们都需要了解自己的材料；
二者是，相关储备工作，我早已准备妥当，多少就是打个GUI的问题。
于是，上述倒没什么好说的。
有时候，如果因为一些生活琐事，心情无法平复。我会选择，要么就写写程序，要么就写写推文。
我们不能太看重一个事物，或者一个结果，这会让你过得煎熬。我无数次问自己，人生最重要的是什么？当然，我也清楚，这个不会有答案，尽管我知道答案。
至于「MACS2 GUI Wrapper」，这个插件出现后，可以让所有「TBtools」用户轻松在不同平台，如「Windows」或者「MacOS」上，从原始测序数据到 Peaks，自主完成分析。相比于其他所有解决策略，「TBtools」是最为简单的本地化分析策略，只要你有数据，也有安装「TBtools」就可以，一键安装插件，一键完成分析。
具体这个帖子倒不是教程贴，因为他似乎不需要....毕竟你就是输入两个文件就可以了。可以是两个bed，也可以是两个bam。设置一下输出目录和基因组大小，一切搞定。
写这个博文，主要还是简单记录一下，这个插件开发过程的一些情况。
我尝试了不同方式，不清楚是多少种，包括不同的跨平台实现模式，其中安装方式测试了很多，而运行时也可能遇到问题，于是运行方式也测试了很多；甚至也修改了一些源码云云。总之，用去了我说实话，挺多时间。我选择了放弃，但是又捡起来；要知道，针对 MACS2 的打包，这个念头在三四年前就有了。换句话说，我曾经为此付出了不少时间，也是尝试然后放弃，再尝试再放弃。
这一次，我还是放弃了，经过一天的尝试。从早上8点到晚上20点。说实话，我累了。我真的累了。因为现在的时间不应该用在这上面。每一次尝试都是对自己的一次拷问，到底这个方向对不对，是不是，可以不可以？时间花在这里值得吗？明显不值得。因为我还有很多其他事情要做。
是的，最后我放弃了。但是我又很不甘心。要知道，打包 Python 程序其实是一直以来的计划，他不是很稳定。不是因为不能打包python，而是因为很多所谓python程序包，他本身就只能在 Linux 或者 Unix 系统下运行。到 Windows下，不可能的。其中涉及到各位诸如系统库或者路径等问题。那怎么搞？
当然，我突然想起来，很久以前被我关闭，但是忘了删除的一个失败项目。当时为了这个失败的项目，我从设计到实现，到最后发现从操作系统底层上，发现就是不可行，也足足花费了三四天。结局就是，这个东西，不可行。
但事实是，经过这一番折腾，我其实收获了一些副产品。而正是这个失败的项目开发过程的副产品，似乎就可以用来解决 python 程序打包或者说 macs2 的打包问题。
转念一想，又测试了三四个小时.....发现确实可行....
至此，从某个角度来说，「TBtools」的 Plugin 拓展，直接上升了一个台阶~ 未来会有更多复杂的功能变得简单易用。
当然，至于「Python Server」插件，说实话，我还是没想好。暂时确实没时间去折腾Python的便携性处理。感觉上，可能比 R 包还麻烦。尽管，后者相关几乎完全解决了。
