Connectivity Map(cMap)的探索应用（一）

出发点源自这篇文章：

"Two distinct interstitial macrophagepopulations coexist across tissues in specific subtissular niches"这篇文章借用cMAP的框架原理，做分析上的变通。通过已发表的两种巨噬细胞的表达值设置的基因集，与scRNA（smart-seq）检测得到的60多个细胞，借用cmap原理，识别出60个细胞各自属于巨噬细胞的哪一种类型。

借助cMAP分析，利用CX3CR1+基因集和CX3CR1-基因集（源自文章），识别出60多个scRNA数据中哪些细胞接近于CX3CR1+，哪些细胞接近于CX3CR1-。

cMAP analysis

The Connectivity Map, or CMap, is a resource that uses cellular responses to perturbation to find relationships between diseases, genes, and therapeutics.

The Connectivity Map(CMap) 是由Broad研究所开发的一个基于干预基因表达的基因表达谱数据库；主要用于揭示小分子化合物，基因和疾病状态的功能联系。

cMAP 原理

实验分析得到的上调和下调差异表达基因列表，利用CMap将差异基因列表与数据库参考数据集比对；根据差异表达基因在参考基因表达谱富集情况得到一个相关性分数（-100~100）；正数表示上调和下调的差异表达基因与参考基因表达谱具有相似性；负数表示上调和下调的差异表达基因与参考基因表达谱可能是相反的；最终，根据参考基因表达谱相关性分数排序。

参考文献：📎The connectivity map.pdf cMAP简要原理阐述📎The Connectivity Map_ Using Gene-Expression Signatures.pdf cMap详细的原理操作解释📎Supporting Online Material for.pdf  上篇文章的补充文件

参考链接：https://mp.weixin.qq.com/s/N0ZvANnWsbBB3XJpSr1j1g

结果图展示如下：

图示：基因集：external HDACinhibitor signature；表达数据：453例表达谱数据。score值即用来评估每一例表达数据与基因集之间的临近关系，数值从1到-1，代表阳性（绿色）到无关系（灰色）到阴性（红色）。

如何完成cMAP分析

文章提供了cMAP的在线分析网站：www.broad.mit.edu/cmap （需要非盈利机构的邮箱注册方可使用）

大牛有提供cmap的githup代码仓储：https://github.com/cmap/ （其内包括多种解决版本，包括R，pathon等）, 主要用于构建gct/gctx文件。

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