R语言基础

准备工作

• 《R for Data Science》
• 查看电脑用户名是中文还是英文

下载R和Rstudio

给自己一个全新的R语言环境

• R studio
  新建脚本

  
  image.png

file.edit('~/.Renviron')#新建空白文本
#在这个文本中输入
R_LIBS_USER="D:/Rlib"#R包装到这个目录
#关闭文件 保存
file.edit('~/.Rprofile')
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
#bioconductor

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/",
 CRANextra = "http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin"))
#cran

• BiocManager(解决bioconductor下载困难问题)
  install.packages("BiocManager")
  BiocManager::install("phyloseq")

#以下都不能运行
#把这个文件下载到本地并打开https://bioconductor.org/biocLite.R 在开头加上这 两行？？？
#把这个biocLite.R文件复制到R当前的工作环境下面
source("biocLite.R")
BiocInstaller::biocLite()

source causes R to accept its input from the named file or URL or connection or expressions directly. Input is read and [parse] from that file until the end of the file is reached, then the parsed expressions are evaluated sequentially in the chosen environment.

• Rcan上的包，直接安装，比如神包tidyverse
  install.packages("tidyverse")
• 如果是bioconductor上的包，比如GEO芯片的差异分析包limma
  BiocInstaller::biocLite("limma")

认识R R STUDIO

plot(rnorm(50)) #必应查查plot和runif什么意思

设置字体大小

R语言基本操作

1.用Rproject管理工作目录
https://mp.weixin.qq.com/s/G-LXN9P2HVLv9v0cvyFJMA
设置工作目录：setwd()
查看工作目录：getwd()

• 新建project

  
  image.png
• 打开 R project
  文件夹中双击R project 打开
  getwd()# 工作目录为你所在的文件夹

2.显示文件列表
dir()
list.files()
👆---重复上一步

3.加减乘除

4.赋值 <- alt-
x<- 1+2 意思是把1+2的运算结果赋值给x

5.删除变量

6.列出历史命令
history()

7.清空控制台
ctrl+l