sashimi plot 绘制

我用的是ggsashimi，这个主要是用来展示和统计局部splicing的情况。

这个软件或者说代码的安装及调试比较麻烦，建议使用他们官网的docker方法进行安装环境。我们服务器上的软件调教的比较好，所以我直接用的服务器算法。
具体的一个例子可以参考下这个中文教程。不过他的前面的目的是要转换下chr的问题，如果你是比对和做annotation的文件是一个来源的话就没必要整那么一下，直接用chr位置就好。具体的实例和文件他们官方网站就有。
我的代码如下
要注意的是input_bam.txt 中bam文件的路径要用绝对路径不要相对路径。palette.txt里面是你选的颜色配色。

ml python/2.7
ml R/3.6
ml samtools

soft_dir=~/sashimi-plot.py
human_gtf=~/soforms.gtf
out_dir=~/figure_1i


${soft_dir} -b ${out_dir}/input_bam.txt -c chr10:112,427,033-112,428,432 \
-g ${human_gtf}  -M 10 -C 3 -O 3 --shrink --alpha 0.25 \
--base-size=20 --ann-height=4 --height=3 --width=18 -P ${out_dir}/palette.txt \
-o ${out_dir}/yourname

图片还蛮biu铁佛的