Part3：函数与R包

Part3：函数与R包

03_rpackages.html
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1.函数与参数

1.形式参数与实际参数

image-20201121163955640.png

2.写函数的函数

image-20201121164054298.png

3.默认参数

作者会设计很多参数，但只有前1~n个是必须填的，其他的参数都有 默认值。

image-20201121164221388.png

2.R包

• 函数的集合，配以数据、说明、示例

  程序包是什么？
  R程序包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。
  也有的R包只有数据，没有函数
  包含R函数、数据、帮助文件、描述文件等。
  为什么要安装程序包？
  特定的分析功能，需要用相应的程序包实现。
  例如：作图包ggplot2，差异分析包limma等等。
  伪问题：学一个R包要多久？

  目的不是学会某个具体的R包，而是找所有R包使用的规律

3.R包来源X3

• CRAN网站

  install.packages()
  

• Bioconductor

  BiocManager::install()
  

• github

  #括号里写作者用户名加包名
  devtools::install_github("jmzeng1314/biotrainee")
  #网络问题经常导致github访问不了，可选择本地安装
  devtools::install_local("AnnoProbe-master.zip",upgrade
  = F)
  

4.设置镜像

• 镜像网站相当于主网站的副本，访问主网站存在障碍时，访问镜像网站也可。R和Bioconductor主网站位于国外，选择国内的镜像也可加快访问速度。

清华镜像(tuna，Beijing) http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
                    http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/
中科大镜像(ustc，Hefei) http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
                        http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/

• 方法一：tools--global option--packages

• 方法二：代码设置

  options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tun
  a.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
  options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.e
  du.cn/bioc/
  

5.R包安装方式X3

install.packages("stringr")
BiocManager::install("ggplot2")
devtools::install_github("jmzeng1314/biotrainee")

library(stringr)            #安装后加载
require(stringr)

6.R包使用逻辑

1.安装包-->加载包-->使用包里的函数

2.已安装、不加载，直接使用

BiocManager::install()
dplyr::filter()         #包名 ：：函数名，表示显式的指定用某个包里的某个函数，通常用于实战中仅用一次的函数，也适用于两个包中                         的函数名有冲突的情况。

7.获取帮助

1.快速查看函数帮助文档

?max或者help("max")
看描述/参数/实例
example(seq)

2.找R包介绍页面（必应直接搜/CRAN/Bioconductor)

3.少数R包有cheatsheets

image-20201121170831802.png

4.补充

image-20201121170930782.png

5.R语言里的符号

( )             #函数
[ ]             #向量、数据框取子集
[[ ]]           #列表取子集
$               #数据框取列，列表取子集
= , <-          #赋值
==              #判断是否相等
!               #否定
{ }             #多行代码
#               #注释
“”              #字符串
::              #包::函数

8.常见疑问

1.大片提示信息

• 检查是否有error，没有就忽略

2. package not available

image-20201121171537300.png

原因1：包名写错

原因2：安装命令使用错误

原因3：本机的R语言版本与包所要求的版本不符（极少）

3.是否更新

image-20201121171628527.png

懒惰政策，能不更新就不更新，除非一直报错

4.加载A包，报错B包不存在

image-20201121171836877.png

5.报错中有connection或url、404、http

6.满分操作：判断式安装

if(!require(stringr))install.packages("stringr")

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