宝藏R包tinyarray：常用图表一键收走
2021-09-02 本文已影响0人
小洁忘了怎么分身
最近抽空整理了以前写的函数，规范tinyarray包，反复检查和优化，调整了好久，终于得到下面的check结果
今天把他提交到CRAN了(是提交不是接收哈，没有那么快)
整理了一下安装方式和里面的画图函数供大家参考。
1.安装方式
if(!require(tinyarray))devtools::install_github("xjsun1221/tinyarray")
library(tinyarray)
1.1在线安装
if(!require(devtools))install.packages("devtools")
if(!require(tinyarray))devtools::install_github("xjsun1221/tinyarray",upgrade = F)
1.2.本地安装
点击这个页面的绿色按键code然后点击Download ZIP，下载到你的工作目录下，用devtools::install_local("tinyarray-master.zip",upgrade = F,dependencies = T)安装。
1.3.安装R包过程中可能出现的问题及解决办法
如果报错说xx包找不到，那就安装它。
如果报错信息中出现http,404,internet,url等关键词，说明是网络问题，一般来说本地安装即可解决。
2. 常用图表
动辄十几二十行的代码，每次复制还要改动，做多了实在是很麻烦，所以我写了一些画图函数，一开始是写着玩，后来发现还挺有用，逐步完善中。
今天找到了一个非常漂亮的热图配色，虽然是红黄蓝这么简单，但是越看越好看，越看越顺眼呐，就它了，可能很久都不会动这个配色了。
2.1热图、PCA、t-SNE、箱线图
先编一个示例数据
exp <- matrix(rnorm(3000,sd = 3),nrow = 100)
colnames(exp) <- paste0("sample",1:30)
rownames(exp) <- paste0("gene",1:100)
exp[1:4,1:4]
#> sample1 sample2 sample3 sample4
#> gene1 -2.026503 7.1928419 -6.5887243 1.0267023
#> gene2 1.098031 1.2868180 1.6771063 0.2968982
#> gene3 -2.768686 1.0838888 -0.6214766 -1.6120365
#> gene4 2.113145 0.6692397 -1.3044274 -3.3225924
exp[,1:10] = exp[,1:10]-runif(10,0,7)
exp[,21:30] = exp[,21:30]+ runif(10,0,7)
group_list <- factor(rep(c("A","B","C"),each = 10))
exp[1:4,1:4]
#> sample1 sample2 sample3 sample4
#> gene1 -6.0031975 3.216147 -10.565419 -2.949992
#> gene2 -1.7947459 -1.605959 -1.215670 -2.595878
#> gene3 -5.3604331 -1.507859 -3.213224 -4.203784
#> gene4 -0.4283194 -1.872225 -3.845892 -5.864057
table(group_list)
#> group_list
#> A B C
#> 10 10 10
下面几个图的输入数据都是表达矩阵exp和分组信息group_list(因子)，group_list的每个元素需要和表达矩阵的每一列对应。画图代码，已经简单到无以复加啦。
draw_heatmap(exp,group_list)
draw_pca(exp,group_list)
draw_tsne(exp,group_list,perplexity = 5)
ggheat(t(exp),group_list,show_colnames = F,show_rownames = F)
draw_boxplot(exp[1:6,],group_list)
2.2.火山图
这里的deseq_data是包里的内置数据，是DESeq2差异分析的结果表格。三大R包的差异分析结果绘制火山图，这个函数是都支持的，用pkg参数指定即可。
head(deseq_data)
#> baseMean log2FoldChange lfcSE stat pvalue
#> hsa-mir-210 8477.61756 2.999675 0.12351512 24.28589 2.763408e-130
#> hsa-mir-122 66.55815 6.533945 0.27575590 23.69467 4.091886e-124
#> hsa-mir-155 1676.87858 3.490095 0.15302583 22.80723 3.887416e-115
#> hsa-mir-106b 863.34927 1.170438 0.05143452 22.75589 1.254723e-114
#> hsa-mir-508 128.07750 -4.514783 0.19906028 -22.68048 6.982192e-114
#> hsa-mir-21 482523.17286 2.168263 0.09914140 21.87041 4.970741e-106
#> padj
#> hsa-mir-210 1.525401e-127
#> hsa-mir-122 1.129361e-121
#> hsa-mir-155 7.152846e-113
#> hsa-mir-106b 1.731517e-112
#> hsa-mir-508 7.708340e-112
#> hsa-mir-21 4.573082e-104
draw_volcano(deseq_data)
2.3 韦恩图
输入数据是一个带有元素名字的列表，这几个元素名字会出现在韦恩图里。
x = list(Deseq2=sample(1:100,30),edgeR = sample(1:100,30),limma = sample(1:100,30))
draw_venn(x,"test")
2.4 KM-plot
KM-plot的代码也简化了，需要病人的生存信息，和用于分组的列。其他的参数看帮助文档咯。
x = survival::lung
draw_KM(meta = x,group_list = factor(x$sex),event_col = "status")
还有一些用于分析的函数，且听下回分解吧~
今天这个配色赏心悦目，心情甚好~
