GWAS全基因组关联分析全流程

拖拖拉拉用了一年时间才把GWAS整个流程捋完，从背景到code、还有过程中遇到的一些bug以及解决办法，加起来也有二十余篇，按分析的流程整理出一份清单，也许以后有新的方法或者新的bug也会继续更新，希望给大家一些参考。

1.GWAS：原理与目的 - 简书 (jianshu.com)
2.GWAS：流程与试验设计 - 简书 (jianshu.com)
3.1 GWAS：表型鉴定与记录的基本原则和原始数据处理 - 简书 (jianshu.com)
3.2 GWAS：最佳线性无偏估计量——BLUE值计算（多年单点有重复） - 简书 (jianshu.com)
3.4 GWAS：遗传力计算 - 简书 (jianshu.com)
4. 标记的开发和分型 - 简书 (jianshu.com)
4.2 基因型数据描述性统计 - 简书 (jianshu.com)
5. GWAS：群体结构——Admixture - 简书 (jianshu.com)
6. GWAS：主成分分析——GCTA - 简书 (jianshu.com)
7.1 GWAS：系统进化树——MEGA - 简书 (jianshu.com)
7.2 GWAS：系统进化树美化——ITOL - 简书 (jianshu.com)
8. GWAS：亲缘关系——TASSEL&GCTA - 简书 (jianshu.com)
9.1 GWAS：关联分析 - 简书 (jianshu.com)
9.2 GWAS：关联分析——TASSEL（GLM/MLM/CMLM) - 简书 (jianshu.com)
9.3 GWAS：关联分析——EMMAX - 简书 (jianshu.com)
9.4 GWAS：显著性阈值确定——GEC - 简书 (jianshu.com)
9.5 GWAS显著SNP筛选及曼哈顿图绘制 - 简书 (jianshu.com)
10.GWAS：LD decay(LD衰减）—— PopLDdecay - 简书 (jianshu.com)
12.GWAS：候选基因挖掘 - 简书 (jianshu.com)
CMplot报错missing value where TRUE/FALSE needed - 简书 (jianshu.com)

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