学习小组Day6笔记--小明

2020-04-07 本文已影响0人 knightxm

生信第6天——学习R包。

R包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。

学生信，R语言必学的原因是丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。包的使用是一通百通的，我们以dplyr为例，讲一下R包。

安装和加载R包

1.镜像设置

两行代码↓可以搞定，但这个方法并不适用于每个电脑，有一部分会失败。随缘，失败的话就每次需要下载R包时运行这两句代码即可。

初级模式
在使Rstudio的时候为了加速包的下载，都会配置一个国内镜像，最开始是要在Rstudio的程序设置中

初始配置

但是这个是CRAN的镜像，如果要下载Bioconductor的包，这个镜像是没有办法用的；另外即使设置了这里，Rstudio也不是每次都能真的从CRAN去下载包，可以通过options()$repos来检验，很多时候还是无奈地回到了R的国外官网，速度超慢😛
升级模式
为了保证我们可以自定义CRAN和Bioconductor的下载镜像，其实是可以在Rstudio中进行设置的，只需要运行这两行代码即可：

Snipaste_2020-04-08_20-27-17.png

但是这种方法还是有问题，你下次再打开Rstudio会发现，下载Bioconductor还是会回到官方镜像，可以查询options()$BioC_mirror 试试，如果你的依然是自己设置的国内镜像，就不用管了；如果发现需要再重新运行一遍代码进行设置，那么就需要继续看下面的内容。
高级模式
不想每次打开Rstudio都要运行一遍镜像配置，还要找之前的代码去复制，就需要用到R的配置文件 .Rprofile
Snipaste_2020-04-08_20-30-17.png
这个文件的配置其实可以多样（比如linux中我们在.bashrc文件中添加alias 作为快捷命令）
首先用file.edit()来编辑文件：
Snipaste_2020-04-08_20-31-04.png
然后在其中添加好上面👆的两行options代码
Snipaste_2020-04-08_20-32-03.png
最后保存=》重启Rstudio，这时你再运行一下：options() $repos和options()$ BioC_mirror 就发现已经配置好了，就很方便地省了手动运行的步骤。

2.安装

确保联网再操作。。。不然就尴尬了。
R包安装命令是install.packages("包")或者BiocManager::install("包")。取决于你要安装的包存在于CRAN网站还是Biocductor，存在于哪里？可以谷歌搜到。

3.加载

下面两个命令均可。

Snipaste_2020-04-08_20-33-43.png

安装加载三部曲

Snipaste_2020-04-08_20-36-36.png

示例数据直接使用内置数据集iris的简化版:

Snipaste_2020-04-08_20-37-08.png

dplyr五个基础函数

1. mutate(),新增列
  
  Snipaste_2020-04-08_20-40-24.png
1. select(),按列筛选
（1）按列号筛选

Snipaste_2020-04-08_20-43-17.png
（2）按列名筛选

Snipaste_2020-04-08_20-44-31.png
（3）filter()筛选行

Snipaste_2020-04-08_20-45-39.png
（4）arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序

Snipaste_2020-04-08_20-46-48.png
（5）summarise()：汇总

Snipaste_2020-04-08_20-48-06.png

dplyr五个基础函数

1. 管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)
  （加载任意一个tidyverse包即可用管道符号）
  
  Snipaste_2020-04-08_20-49-43.png
2.count统计某列的unique值

Snipaste_2020-04-08_20-50-46.png