冒个泡： 本学期的第一次报告

上个星期一直在做实验，然后花了三天时间做屁屁踢（星期天熬到了凌晨两点啊，平时都是十点就撤，回寝钻被窝的）。 昨天下午在大组会上做了一个报告，老板还算满意。今天休养一下，明天制定下一步计划。真希望早点发小 paper, 早点毕业啊。

贴几段开场白好了，大家都是大老爷们，老板脾气又好，加上与生俱来的闷骚，所以我作报告时言辞都比较放肆。

大家下午好哇，我是张立峰，今天讲一下我过去一个月(10.9 – 11.17)的工作，也是我读研来开始的第一个正式实验。先根据报告题目简要讲讲我的实验任务，后面会做一个具体的介绍和 review。 我的任务是： instance-level ,即 实例级别 的 H-E 染色切片的细胞核 分割。

我先具体介绍一下什么是 HE 染色图片，这非常重要，后面有两步实验与之相关。

其实 HE 是两种染色剂的英文名称首字母。他们还有非常好听的音译名字， 名字不仅好听，还结合了他们的化学性质。

像 H 染色剂， 它的中文名就叫 苏木精 ， 英文名字就叫喝…黑…(单词不会念，卡壳中)….， 对，没错，你们 看，发音很像，所以就是音译过来的。

苏姓非常有诗意， 苏木精又总是让我想到木婉清。那怎么说这个名字结合了化学性质呢，因为苏木精不仅让我想到了木婉清， 还让我想到了洗洁精，想到洗洁精，就不难想到 蓝 月亮， 好， 苏木精的化学性质就是能将将嗜 碱 物质染成蓝色，尤其是细胞中的细胞核。

嗯？？？ 不难想到？ 这种奇葩的联想就你能想到吧

伊红也是音译过来的，非常好听，我以后有女儿，就考虑叫张伊红。 由伊红这个名字，同样不难想到伊红伊红姨妈 红 ，Dei !! 没错， 它的化学性质就是能将嗜酸物质染成红色，尤其是细胞中的细胞质。

我们贴一张染色质量很高的图片，Look，蓝的蓝，红的红，颜色鲜明，如果染色质量都这么高，那么普通的阈值分割法就可以将细胞核抠出来了。我们贴一张我们的实验图片，会发现染色质量很差，细胞核和背景的差异不是非常分明，只是颜色稍深一点，我们后面会介绍一种技术来减弱染色差异对实验效果的影响。

我们的目标是什么呢？

我们将标注做一些可视化处理后来说明， 从 原图 a 到 二值图 b ,就是将图像中所有属于细胞核的像素识别出来。 从 a 到 c 则更进一步， 不仅要识别像素是否为细胞核，还要判断像素是否隶属于某个实例或个体 。 看红色框， 中间的黑白图只是识别出了白色区域为细胞核，右边的彩色图将这块区域划分给两个实例，即两个细胞核， 并用不同颜色标识。

更专业地， 我们通常把 a 到 b 的过程称为 semantic segmentation, semantic 语义的意思，语文的语，义气的义， 从 a 到 c 就叫 instance segmentation.

后面还有四十张 PPT, 略略~