Beast v1.8简易手册
2019-09-28 本文已影响0人
生信雀
Beast是用来进行贝叶斯MCMC分析的一系列合集软件，其主要组成程序有BEAUti、BEAST、Tracer、TreeAnnotator、FigTree，这几个软件的组合使用常用来重建MCC树（Maximum Clade Credibility Tree），即最大可信进化分枝树。此外，还有诸如SpreaD3、Tempest、PiBUSS、LogCombiner、TreeStat之类的分析软件。
本文分两个部分，暂时先依据软件说明书简单介绍Beast v1.8程序包里（BEAUti、BEAST、Tracer、TreeAnnotator、FigTree）各软件的功能及其参数的含义，再以示例数据重建带有分子钟的MCC树。
Beast功能较多，Beast其他软件包的使用及Beast的其他功能后期再整理上传，本文则主要介绍构建带有分子钟的MCC树。
参考文献：《A Rough Guide to BEAST 1.4》、《Bayesian hylogenetics with BEAUti and the BEAST 1.7》、《Relaxed Phylogenetics and Dating with Condence》
