经典空间转录组案例思路总结,都更新好了!

2022-06-01  本文已影响0人  ee00dc6faab7

目前,空间转录组学研究如火如荼,发表的高分文章近20多篇,包括Cell、Nature、Science 等等,今天在这里为大家展示三篇高分文章的思路总结。

文章一

Multimodal Analysis of Composition and Spatial Architecture in Human Squamous Cell Carcinoma [published correction appears in Cell

【发表期刊】Cell

【影响因子】36.430

【发表时间】2020年7月

【研究方向】肿瘤

【研究策略】空间转录组(ST)、单细胞转录组测序(scRNA-seq)、多重离子束成像技术(MIBI)

【研究内容】关于人鳞状细胞癌的研究,作者利用 scRNA-seq 构建 cSCC 细胞亚群的单细胞转录组图谱,ST 和 MIBI 研究空间图谱,探索肿瘤微环境。


文章二

Spatial Transcriptomics and In Situ Sequencing to Study Alzheimer's Disease

【发表期刊】Cell

【影响因子】36.430

【发表时间】2020年7月

【研究方向】阿尔茨海默病疾病

【研究策略】空间转录组(ST)、原位杂交测序(ISS)

【研究内容】关于阿尔茨海默病病理特征附近的失调细胞网络的研究。该研究分别从3、6、12和18月龄的 AppNL-g-F 和 C57BL/6 小鼠大脑开展试验,探究细胞的空间转录谱。


文章三

A Spatiotemporal Organ-Wide Gene Expression and Cell Atlas of the Developing Human Heart

【发表期刊】Cell

【影响因子】36.430

【发表时间】2019年12月

【研究方向】人胚胎心脏

【研究策略】单细胞转录组(scRNA-Seq)、空间转录组(ST)

【研究内容】人发育心脏的时空基因表达和细胞图谱的研究,利用单细胞转录组和空间转录组测序揭示了在胚胎心脏三个发育阶段(妊娠早期4.5-5、6.5和9个孕后周)中细胞类型的综合转录组情况,为这三个发育阶段创建相对应的空间亚细胞图。

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