文献推荐-应用生物信息探索分析糖基转移酶（综述）

原文：Bioinformatics for comprehensive finding and analysis of glycosyltransferases

最近要写毕业论文了，导师是做糖的所以我的课题也强行做了糖的生信分析，多读几篇文献过几天查重才能好过吧。（手动滑稽脸

背景介绍：

翻译后修饰是后基因组时代重要的研究内容。其中，超过一半的蛋白质都需要糖基化修饰。复杂的碳水链，如糖蛋白，糖脂，糖苷是有由如糖苷转移酶，糖基水解酶，等编码的。这些glycogene的鉴定和功能研究是糖蛋白领域最重要的话题。作者搜集了人基因组和cDNA数据库来鉴定糖基因，特别是糖基转移酶（在糖链合成中扮演着重要的作用）。也研究了功能和motif之间的关系。

流程：

作者先用已知的糖基因序列为数据库，通过blast比对匹配上的序列，并删掉已知的序列，这样就得到了潜在的DNA序列。通过Gene finding from genome和EST assemble，作者能找到潜在的氨基酸序列。最后，通过motif search，发现新的糖基转移酶。

结果：

1. 作者找到105个潜在序列，38个基因已经在活体中发表研究过，其中24个曾经报道过，并发现了linkage specific motif。比如b4GT（通过b1,4linkage 从UDP-Gal转移半乳糖到acceptor）

2. 在CAZy数据库种，糖基转移酶（GT）基于序列的相似程度，被分成78个family。所有的GT都有两种folds，（GT-A，GT-B）。GT-A和Rossman fold很相似，有两个不同的domain，N端结合domain和C端受体结合domain。一个在N端常见的motif，DxD。
   作者对他们进行了重新分类

   
   

3. 属于GTS-A和GTS-B的糖基转移酶在很多生命中都存在，作者映射了这些GT的superfamily发现有4个代表性的通路： 细菌的糖苷肽合成，LPS内部核心区域的合成，GPI-anchor的生物合成，原核生物的N-glycan的生物学修饰。

   
   

因此，作者提出了如下图的进化理论：
尽管真核是从原核种进化而来的，糖基化的开始是由一个公共的祖先（sugar-1-phophate）介导的。在起始之后，延长是由GTS-B家族的酶介导的。这表ing，GTS-B是由糖基转移酶进化而来，与结构的形成密切相关。（这么翻译好滑稽……）。GTS-A会进化成一大批糖基转移酶，催化不同的碳水结构。

这些GT和GS的分布