Miniconda使用记录（1）

下载与安装

conda官网：https://conda.io/miniconda.html

wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh


#安装命令：
chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #给执行权限
#bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ##运行询问是否将conda加入环境变量的时候选择no

启动conda：
在上一步选择no之后，输入conda是会报找不到此命令的。cd到miniconda3的bin目录下面，能看到有一个activate。

需要给activate添加一下权限才能使用
chmod 777 activate
启动conda

. ./activate = source ./activate#启动conda
. ./deactivate #退出conda环境

当命令行前面出现(base)的时候说明现在已经在conda的环境中了。这时候输入conda list 命令就有反应了。

conda镜像源

清华镜像源:（https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/）

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

显示安装的频道

 conda config --set show_channel_urls yes 

查看已经添加的channels

conda config --get channels

已添加的channel

vim ~/.condarc

搜索安装命令:

 conda search bwa #查找软件
 conda install bwa #安装软件
 conda remove bwa #卸载软件
 conda update bwa #更新软件

参考：
https://conda.io/docs/user-guide/cheatsheet.html