gtf和gff转换的方法
2019-05-20 本文已影响0人
灵动的小猪
- 使用cufflinks进行转换
gffread my.gff3 -T -o my.gtf
gffread my.gtf -o- >my.gff3
但是这个有个局限性就是只能转换mRNA的gff文件，因为它识别的特征是exon，gene_id
- R::rtracklayer
library(rtracklayer)
test <- import("test_gff3")
export(test,"test.gtf","gtf")
