使用gtex数据库找组织特异性表达基因
2019-08-05 本文已影响67人
因地制宜的生信达人
使用gtex数据库找组织特异性表达基因
组织特异性表达基因在单细胞领域应用比较广泛,毕竟一下子好几千个细胞的表达量矩阵就出来了,通过降维聚类,可以拿到不同的亚群,就需要对这些亚群进行生物学注释,这个时候,如果我们有人类的每个组织的特异性表达基因列表,就很容易操作。
关于GTEX数据库
数据量可以说是很可观了

top 50 表达基因功能
我看到:https://gtexportal.org/home/topExpressedGenePage 可以搜索,比如我搜索大脑的最高表达量基因,发现它的确可以把大脑区域和身体其它区域很容易的分开,如下:

不过,问题是这样的分类并不精细,因为脑部区域也是很复杂的