差异表达分析基本原理与方法

差异表达分析的本质就是：识别差异表达基因和非差异表达基因
筛选方法: 倍数法，t检验法，方差分析，SAM法，信息熵

1. 倍数法

• case 每个基因的表达量 a
• control 每个基因的表达量 b
• f = a/b
• 缺点： 阈值很难确定，一般取2
• f 和1越接近，说明没有差异表达，大于1 说明上调，小于1说明下调，通常被用于基因的大规模初筛

2. t检验

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• 缺点： 由于芯片实验成本较高，n 较少，从而对总体方差估计不很准确，t检验得分检验效能降低。用随机方差弥补样本量太少。

  
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3. 方差分析

• 其实就是在t 检验的基础上增加了一组组内的变异检测的校正。

  
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4. SAM 法

• 多重假设多了（假设检验次数多了），p值再小，也会有假阳性率发生P=1-(1-p)^ n，所以需要纠正

  
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5. 信息熵

• 我个人觉得这方法没什么意义，请高人指点指点！

  
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