分子模拟生物信息杂谈

Open Babel编译安装

2017-07-05  本文已影响61人  生信杂谈

Open Babel是一个非常优秀的支持多种分子格式的开源软件,同时可以进行2D 3D格式的转换,也可以编写脚本。编译安装方法如下:

官方教程:点我查看
先下载最新的版本:点我下载
解压缩:

tar zxf openbabel-2.3.2.tar.gz 

# (this creates openbabel-2.3.2)

mkdir build

cmake构建软件:

cd build

cmake ../openbabel-2.3.2

如果你需要特别的设置,则需要-D
来进行设置,-D CMAKE_INSTALL_PREFIX=~/Tools -D CMAKE_BUILD_TYPE=DEBUG 两个设置一个设置目录,一个设置类型,自我感觉没有必要使用

make /make -j {num}   
 
# {num}表示要使用多少核,例如 make -j4  表示四核make install

在cmake时可以参与更多设置:
设置GUI: -DBUILD_GUI=ON linux GUI是wxWidgets制作的,所以你的python必须安装了wxWidgets ,个人觉得linux你都回了就没有必要使用GUI了
语言编译: 例如python -D PYTHON_BINDINGS=ON
然后再设置python的环境变量:export PYTHONPATH=/usr/local/lib:$PYTHONPATH
其中PYTHON可以替换成你的语言类型:PYTHON, CSHARP, PERL, JAVA 或 RUBY,如果都想安装,可以将PYTHON 替换为ALL

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