Jupyter安装

The Jupyter Notebook是一个开源的Web应用，它支持创建并分享包含动态代码、等式、可视化信息以及描述性文本的文档。其用途包含：数据清理与转换、数值模拟、统计建模、数据可视化、机器学习等。其使用步骤如下：

环境准备

由于Jupyter需要在服务器上执行代码，出于安全性的考虑，不推荐使用Root运行Jupyter，因此需要新增一个用户以启用Jupyter：

adduser clock

Jupyter安装

Jupyter官网推荐使用Anaconda安装部署Jupyter，安装Anaconda步骤如下：

wget https://repo.continuum.io/archive/Anaconda3-4.4.0-Linux-x86_64.sh
chmod u+x Anaconda3-4.4.0-Linux-x86_64.sh
./Anaconda3-4.4.0-Linux-x86_64.sh

生成配置文件

Jupyter中的配置文件如下生成：

$ jupyter notebook --generate-config
Writing default config to: /home/clock/.jupyter/jupyter_notebook_config.py

生成管理密码

生成Jupyter的管理密码：

$ ipython
Python 3.6.1 |Anaconda 4.4.0 (64-bit)| (default, May 11 2017, 13:09:58) 
Type "copyright", "credits" or "license" for more information.

IPython 5.3.0 -- An enhanced Interactive Python.
?         -> Introduction and overview of IPython's features.
%quickref -> Quick reference.
help      -> Python's own help system.
object?   -> Details about 'object', use 'object??' for extra details.

In [1]: from notebook.auth import passwd

In [2]: passwd()
Enter password: 
Verify password: 
Out[2]: 'sha1:597c47f316ef:633e5365b34aaa523c7cd185014b1e61e4d72a48'

配置管理信息

将上边生成的管理密码配置进文件~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py：

c.NotebookApp.ip = '*'
c.NotebookApp.notebook_dir = '/home/clockfrog/notebook'
c.NotebookApp.open_browser = False
c.NotebookApp.password = 'sha1:597c47f316ef:633e5365b34aaa523c7cd185014b1e61e4d72a48'
c.NotebookApp.port = 3667

其中password即为上边生成的密码串。

运行Jupyter

最简单的运行方式：

nohup jupyter notebook &

Jupyter的使用

打开如下链接既可以使用：

http://127.0.0.1:3667/

增加Kernel

考虑到Jupyter可以支持多种语言，因此不妨多添加几种：

增加Nodejs

安装Nodejs的kernel的命令如下：

conda install nodejs
npm install -g ijavascript

增加scijava

安装scijava的kernel的命令如下：

conda install -c conda-forge scijava-jupyter-kernel