数据clean--2. 记录一次寻找rawdata的adapte

2022-10-30  本文已影响0人  MYS_bio_man

书承上文《数据clean--1. Fastx-Toolkit使用

问题:
1.不知道adapter是啥
2.不会找adapter

办法:
1.问公司
2.用fastp软件【自动检测adapter,其他替代软件也可以】

如果非要用某个软件(cutadapt去切割adatpter)怎么办

这个哥们儿讲了adapter是啥,提到了可以用fastqc跑出来的结果来找adapter,我自己试了一下,大概是这样的吧:

1. 先跑fastqc

$ /home/softwares/FastQC/fastqc -o ./  /myppath/*.fq.gz

2. 看report结果

如下图,我是聚焦于此,
黄色所示的碱基序列貌似【应该自信点】就是我需要的adapter,
【所有样本report中也都出现了它】
一系列reads也是要剔除的。
那么多A【ployA/T/N...】也是后续要过滤的步骤,我准备就这样整整,找篇文章的数据复现证实一下!
【to be continue】
image.png
上一篇 下一篇

猜你喜欢

热点阅读