使用mafft进行多序列比对

多序列比对（多序列联配，Multiple sequence alignment， MSA）是指把多条（3 条或以上）有系统进化关系的蛋白质分子的氨基酸序列或核酸序列进行比对，尽可能地把相同的碱基或氨基酸残基排在同一列上。这样做的意义是，对齐的碱基或氨基酸残基在进化上是同源的，即来自共同祖先（common ancestor）。

多序列比对的软件有很多，最常用的多的序列比对软件是 clustalw 。 有文献报道：比对速度（Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee），比对准确性（MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW）。因此，推荐使用 MAFFT 软件进行多序列比对。

使用了之前注释的水稻基因组数据，将其转换成蛋白质文件，

gffread H7L1.EVM.all.gff -g /public/home/fengting/task/222anno/21/data/H7L1.arrow.polish.fasta -y tr_cds.fa

使用conda安装mafft，输入mafft,显示版本信息

按照软件要求输入信息，

成功运行