gff和gtf相互转换
2022-08-02 本文已影响0人
纵纵纵小鸮
使用gffread
#gff2gtf
gffread my.gff3 -T -o my.gtf
#gtf2gff
gffread merged.gtf -o- > merged.gff3
当原gff文件中exon和CDS不重叠，或没有exon信息时，如果我们想要得到完整的exon信息，需加一个--force-exons参数，这个参数官方解释是：make sure that the lowest level GFF features are considered "exon" features，确保所有的UTR或exon都有exon形式记录。
参考：https://www.jianshu.com/p/48b5a0972301
