[跟着NC学作图]-柱状堆积图

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代码部分：

1. 导入相关包和数据

options(stringsAsFactors = FALSE) 

library(reshape)
library(plyr)
library(ggplot2)
library(ggsci)
library(cowplot)
library(reshape2)

#'@导入数据
metadata_coinf <- read.table("metadata_coinf.txt", header = T, sep = "\t")
metadata_coinf[1:5,1:12]

01.png

2. 绘制基础图形

ggplot(metadata_coinf, aes(x=WEEK, group=CLADE))+ 
 geom_bar(stat="count", aes(fill = CLADE))
geom_bar(stat="count", aes(fill = CLADE))

02.png

3. 添加参数

ggplot(metadata_coinf, aes(x=WEEK, group=CLADE))+ 
  geom_bar(stat="count", aes(fill = CLADE)) +
  ## 添加参数
  scale_x_discrete(breaks = factor(metadata$WEEK),limits = levels(factor(metadata$WEEK)) ) +## include all weeks
  ylab("n WGS") + xlab("Week") +
  ## 将Y轴从0开始
  scale_y_continuous(breaks=seq(0,10,2))+
  theme_bw() + theme( axis.text.x  = element_text(vjust=0.5, size=8,angle=45))

03.png

## 更改颜色
p1_npg = p1 + scale_fill_npg(drop=FALSE)

04.png

4. 绘制堆积图

ggplot(metadata, aes(x=WEEK, group=factor(CLADE)))+ 
  geom_bar(stat="count", aes(fill = CLADE),position="fill")

05.png

5. 添加参数

ggplot(metadata, aes(x=WEEK, group=factor(CLADE)))+ 
  geom_bar(stat="count", aes(fill = CLADE),position="fill") +
  #scale_fill_manual(values=cbPalette) +
  scale_y_continuous(limits=c(0,1),labels = scales::percent) +
  ylab("% WGS") + xlab("Week") +
  theme_bw() + theme( axis.text.x  = element_text(vjust=0.5, size=8,angle=45))10)

06.png

p2_npg = p2 + scale_fill_npg(drop=FALSE)

07.png

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小杜的生信筆記 ，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料！