2021-06-26 RNA-DNA互作鉴定方法

        RNA与DNA可以通过碱基互补配对形成RNA-DNA杂合链，例如转录过程中新生RNA与模板DNA，复制过程中RNA引物与DNA模板，DNA损伤修复过程中RNA与DNA，以及非编码RNA（例如lncRNA和circRNA等）介导的转录调控过程中非编码RNA与DNA。这些RNA-DNA互作对于细胞正常生命活动的维持与应激环境的适应具有极其作用的作用，因此系统解析RNA-DNA互作尤为重要。

        近年来，针对RNA-DNA互作的鉴定方法不断涌现，不仅为我们深入了解细胞生命活动的底层运作方式提供了新的认识，也为从RNA出发的RNA功能机制研究提供了新的探索资源。今天分享一篇介绍RNA-DNA互作的综述中涉及的相关鉴定方法。

该综述中，将相关鉴定方法分为三种：（1）针对特定RNA的互作DNA鉴定：使用与目标RNA互补配对的探针进行pulldown，将富集到的DNA进行测序鉴定；（2）针对所有RNA-DNA互作的鉴定：采取两种捕获策略，一种是使用嵌合的RNA/DNA双接头，可以同步实现RNA和DNA的捕获；另一种为分别捕获互作的RNA和DNA；（3）针对特定DNA位点的RNA-DNA互作鉴定：采用dCas9策略富集与特定DNA区域互作的RNA。

PS.针对特定RNA的互作DNA的捕获，除了使用合成探针外，也可以使用靶向RNA的CRISPR/dCas13系统进行捕获。

Reference

Li, X. & Fu, X. D. Chromatin-associated RNAs as facilitators of functional genomic interactions. Nat Rev Genet 20, 503-519 (2019).