chapter44-45 illumina和PacBio仪器简介

illumina仪器及基本参数

PacBio

单分子实时测序(Single Molecule Real Time, SMRT)公司，2018年已被illumina收购。

以下是一些三代测序名词介绍

1.SMRT cell
类似于flowcell，单个SMRT孔含有一百万个ZMW。
2.Zero Mode Waveguide (ZMW)
带有微孔的纳米光子元件，是SMRT孔中用于实时读取序列的设备。
3.subread
每个序列会被多次读取，因此产生了多个子序列，是由单个ZMW读取的。
计算subread数目：即单个read被读取的次数；如果模板为10Kb，读取的read总长为10Kb，则subread为10。
4.Circular Consensus Sequence (CCS)
当模板小于读长时，则会从头再次读取。所有的subreads一起比对，获得一个CCS read。

PacBio测序数据

原始测序结果为未比对的bam格式文件，名字是subreads.bam。

image.png

用于分析PacBio数据的程序

https://github.com/PacificBiosciences/
https://github.com/PacificBiosciences/Bioinformatics-Training/wiki
http://www.pacb.com/products-and-services/analytical-software/devnet/