20190418 一个文献检索的示例:如何找出所有筛选小分子核酸
20190418 一个文献检索的示例:如何找出所有筛选小分子核酸适配体的文献?
想快速把文献检索全(查全)其实是一个非常有挑战性的工作。
如何快速、准确又全面地找到文献,这是我每天几乎都会面临的问题。一是因为自己要做科研,需要查文献;二是自己处于服务的岗位,经常需要解答别人的问题,需要快速学习;三是自己教学也希望帮助更多的人,提升检索效率,减少工作上的盲目。
真正保证不会漏掉的检索方法是把所有核酸适配体的文献都找出来,然后进行人工筛选,这种方法相对比较保险,但是工作量特别大,不是常人可用的方法。
【思路】是不是可以直接搜索小分子(small molecule) 适配体(aptamer)这样的关键词,能够找到所有这个文件呢?其实不是,因为很多是小分子的文章,比如说AFB1、ATP等这样一些小分子,并不会把小分子写在标题或摘要中,而是直接写这个名字,而不是类别。我们并不知道到底筛选了哪些小分子,所以就没法这样去找全文献。但是,还是会有些综述性文章会这样写。下面是检索的思路。
检索示例1:
检索的目标:假设现在要写一篇筛选小分子核酸适配体筛选的综述,那么就需要去了解目前已经发表的小分子筛选的文章。
关键词:小分子(small molecule) 适配体(aptamer)
注意:这里的small molecule其实是一个描述词,是一类分子的统称,文章中通常是直接用小分子的名称,而不会加上小分子(small molecule)这样的描述词,这就给检索文献带来了一定的难度。部分综述性文献还是会这样写,所以我们可以利用引用,通过顺藤摸瓜的方法进行检索。
下面是检索过程,利用 web of science 数据库来进行检索。
第一步:如下面的检索式进行检索,总共有 总共有305篇文献,如果只看综述,就只剩下27篇参考文献了。
第二步:快速浏览一下27篇参考文献,把重要的感觉相关的标示出来。只有8篇;
第三步:依次点开,每一篇,链接中均有这篇文章引用的参考文献。选中全部依次导出,建议导出到endnote中;
第四步:建议在endnote中,浏览每一篇文献,再注意进行筛选。这时候,文献数量也就几百篇,可以轻松搞定。
以下为每一步的操作图示:
1、链接web of science 数据库,选择所有数据库进行检索
![](https://img.haomeiwen.com/i15687225/5b48ccf9b2f8b705.png)
2、利用左侧的精炼功能,选择只看综述(review)
![](https://img.haomeiwen.com/i15687225/64d5de38509b2e95.png)
3、阅读review中,与自己目的相关的文献,并标记
![](https://img.haomeiwen.com/i15687225/cf74a7f85bdb3fca.png)
4、点击右上角的 标记检索列表 旁的数字,就可以看到你标记过的几篇文献了。
![](https://img.haomeiwen.com/i15687225/0ecb152d2dedfe26.png)
5、点击可以输出这8篇参考文献
![](https://img.haomeiwen.com/i15687225/30b523a029b57c89.png)
我期待的理想的情况是,最好是直接连同引用的参考文献可以一并输出。然后再进行人工筛选。但目前WOS平台无法实现这样的功能。
有一个办法是,先回到 web of science core collection数据库,再选择标记的检索,这个时候再输出,可以勾选输出是带上 引用的参考文献。
用histcite打开。(histcite工具的教程,可以看这里:https://study.163.com/course/introduction/1004904012.htm免费课程见https://www.icourse163.org/course/USTC-9002)
![](https://img.haomeiwen.com/i15687225/0fdeec159b41e791.png)
目前的处理方法是:逐一打开,点击参考文献标题
打开第一条参考文献
![](https://img.haomeiwen.com/i15687225/012365731d520371.png)
选择所有的67篇参考文献,输出到endnote
![](https://img.haomeiwen.com/i15687225/94fb7a1690d4a340.png)
重复以上步骤,就可以将所有文献导入到endntoe中了。
再使用文献二分法,快速筛选,参见(https://study.163.com/course/introduction/1208964816.htm免费课程见https://www.icourse163.org/course/USTC-9002)也可以参考我在简书的其它文章。
应用示例2:
同样的问题,我想我想找出所有
器官芯片(organ on chips)的文献。
并不是所有的文献都直接叫器官芯片,有的叫 肾脏芯片,要的叫心脏芯片等等。
所以这个时候也可以参考上面这样一套方法。
器官芯片 文献检索实录
为帮助大家理解我的检索思路。昨天在检索 器官芯片 相关知识时,我做了全程录屏。
我将视频放在《文献管理软件EndnoteX9 快速入门》中,这部分视频在2019年5月1日前,可以免费学习。
【免费视频部分目前正在转码,转码完成之后才能看到,预计明天上午9:00左右应该可以看到了】
![](https://img.haomeiwen.com/i15687225/7a81ed0bfc8874a2.png)