⑾📚[目录]哈医大数据库⑩CRADIO-LNCRNAS、Indi
- 哈医数据库①Lnc2Cancer、Lnc2Meth、LncACTdb、MSDD
- 哈医数据库②miRSponge、Co-LncRNA、FACER
- 哈医数据库③LncMAP、LNCat
- 哈医数据库④CellMarker、GPA
- 哈医数据库⑤TIP、SEECancer
- 哈医数据库⑥LnChrom、DiseaseEnhancer
- 哈医数据库⑦miRNA targets、NSDNA
- 哈医数据库⑧Ubetis-LncDB、LincSNP
- 哈医大数据库⑨LncRNA Ontology、BioM2MetDisease
Welcome to CRADIO-LNCRNAS
已发现长的非编码RNA（lncRNA）在人类心血管系统中发挥重要作用。 然而，关于其机制的信息是有限的，迄今为止，从多个组织的角度对心脏lncrna缺乏全面的认识。 在这里，总结了人类心脏中lncRNA转录组的landscape 。 我们总结了来自公众可获得的人转录组资源（156个心脏样本和来自29个其他组织的210个样本）的所有lncRNA转录物，并 systematically analysed all annotated and novel lncRNAs expressed in heart. 。提取了总共7,485个在心脏中表达升高的lncRNA（HE lncRNA）和在所有30个分析组织中均有表达的453个lncrna（EIA lncRNA）。 利用各种生物信息学资源，方法和工具，从各种角度讨论了这些lncRNA的特征，包括基因组结构，保守性，心脏发育过程中的动态变异，顺式调节，心血管疾病和癌症的差异表达，以及转录和转录后水平的调控。然后，将上面讨论的所有特性集成到一个名为CARDIO-LNCRNAS的用户友好数据库中。本研究首次从多个组织的角度对lncrna在人类心血管系统中的作用进行了全面性的研究，并阐明了lncrna在发展和心脏疾病中的作用。
CRADIO-LNCRNAS
相关文献：
Landscape of the long non-coding RNA transcriptome in human heart
由于癌症中遗传改变的广泛复杂性和高遗传异质性，全面描述癌症的分子机制仍然是困难的。 表征癌症个体的个体化发病机制有助于揭示复杂机制的新细节。在这项研究中，我们提出了一种称为IndividualizedPath的综合方法，通过结合DNA拷贝数，基因表达数据和生物通路的拓扑结构，从个体的角度识别遗传改变及其下游风险通路。通过将该方法应用于TCGA多形性胶质母细胞瘤（GBM）样品，我们在252个GBM个体中鉴定了394个基因 - 通路对（gene-pathway pairs）。 我们发现具有拷贝数改变的基因在GBM个体中显示出高度异质性，而它们影响相对一致的生物通路。A global landscape of gene-pathway pairs 表明EGFR与多种癌症相关的生物通路相关联，具有最高的GBM风险。 具有MET-pathway pairs 的GBM个体显示出比仅具有MET扩增的个体显着更短的存活时间。 重要的是，我们发现相同的风险途径受到不同GBM个体组中不同基因的影响，这些基因具有显着的互斥性模式。
GBM亚型分析揭示了一些亚型特异性的基因 -通路对。 此外，我们发现一些罕见的拷贝数改变对许多癌症相关通路有很大影响。 总之，我们的方法提供了识别体化癌症机制的可能性，which can be applied to other types of cancer through the web serve
