划痕实验

使用imageJ插件：Wound Healing Tool

下载地址

http://dev.mri.cnrs.fr/attachments/download/1992/MRI_Wound_Healing_Tool.ijm

安装方法

上述文件放到imageJ文件夹中macros/toolsets下，重启imagej。

使用方法

image.png

点最右边的双箭头

image.png

得到这样

image.png

打开一个图片，左键点击m可以直接测量，右键点击m可以打开参数设置

image.png
image.png
结果如下
image.png

点击对应区域的编号，记录面积就可以了（本图是2号）。

migration

参考资料：http://www.sohu.com/a/240069404_650214

定量过程

打开一张图片
如图所示，image-type-8-bit

image.png

image-adjust-threshold调整阈值，细胞黑色为选择上，网孔可以有一点，后面可以筛掉，点击Apply。

image.png
分割连在一起的细胞
image.png
计数
image.png

这里的参数调一下

image.png
结果如下：
image.png

血管生成

使用工具

Angiogenesis Analyzer
http://image.bio.methods.free.fr/ImageJ/?Angiogenesis-Analyzer-for-ImageJ#outil_sommaire_0
下载地址
http://rsb.info.nih.gov/ij/macros/toolsets/Angiogenesis%20Analyzer.txt

安装方法

将插件下载到imagej的文件夹下/macros/toolset中，重启imagej。

定量过程

打开一张图片，打开Angiogenesis Analyzer

image.png

直接定量

image.png
更改参数
image.png

CD31血管定量

定量过程

打开一张图片
image->Color->Split Channels

image.png

得到如下三张图（红绿蓝三个通道）

image.png
此图CD31染的红色，保留红色通道即可。
然后image->Adjust->Threshold,勾上Dark background,调整到合适的阈值，点Apply
image.png

Analyze->Set Measurements,勾上以下选项

image.png
Analyze->Measure即可。
计算完后的结果：
image.png