基于图形泛基因组的Reads比对的审阅与可视化

最近研究中遇到个问题，就是翻来覆去似乎并没有找到类似IGV那种看read比对的基于图型泛基因组的基因组浏览器emmm。。

因此，我们决定，自己做一个！
VAG诞生了效果如下and上链接 （https://github.com/lipingfangs/VAG）。

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怎么说呢？这是一个以图形泛基因组作为参考的基因组比对的浏览器，提供从区间提取到可视化的一站式服务。还支持利用Pair-end信息过滤False-Positive tracks or Segements in Graph（其实就是是提供reliable比对区间的参考的意思）。

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针对现在比较多图形泛基因组都会做群体PAV的一个分型，我们也集成些方法能够将群体间的PAV frequency（差异）展示在图形泛基因组中。比如下面水稻籼梗分化的一些分化位点的示例:

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顺手（花大力气）也做了一个的用户友好型的web-sever（https://ricegenomichjx.xiaomy.net/VAG/sequenceextraction.php）来让有关的朋友们上传文件+点点点点就可以完成操作。

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如果您在使用中有任何问题或意见，欢迎与作者联系(fangping.li@scau.edu.cn)，我们会及时回复!

如果软件参与您的研究，请引用论文:
Visualization and review of reads alignment on the graphical pan-genome with VAG Fangping Li, Haifei Hu, Zitong Xiao, Jingming Wang, Jieying Liu, Deshu Zhao, Yu Fu, Yijun Wang, Xue Yuan, Suhong Bu, Xiaofan Zhou, Junliang Zhao, Shaokui Wang bioRxiv 2023.01.20.524849; doi: https://doi.org/10.1101/2023.01.20.524849,

非常感谢。