RepeatExplorer2 包括用于下一代测序数据中重复序列的基于图形的聚类和表征的实用程序以及用于检测转座元件蛋白编码域的工具
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源代码存放在RepeatExplorer2 bitbucket
RepeatExplorer2发表在nature protocol论文原文
2018年 nature reviews genetics综述，转座子的鉴定工具分类

有以下4种案例鉴定模式：

单一物种的从头重复识别
一组物种的比较重复分析
用于细胞遗传学实验的卫星 DNA 探针的开发
基于 ChIP-seq 数据的着丝粒重复识别
上面的链接有4种方式的视频地址，英语原视频在youtube上。
RepeatExplorer2 可以下载到本地使用，也可以使用官方提供的在线分析。需要先注册。