本周最新文献速递20211219

2021-12-19 本文已影响0人橙子牛奶糖

本周最新文献速递20211219

一、精细解读文献一

文献题目： The power of genetic diversity in genome-wide association studies of lipids

不想看英文题目： 脂质全基因组关联的遗传多样性研究

杂志和影响因子： Nature (IF: 42.778; Q1)

研究意义： 脂质全基因组关联分析研究（GWAS）目前主要在欧洲祖先人群中进行，缺乏其他祖先人群脂质水平的遗传学研究

结论：

对 201 个研究队列的 1,654,960 个个体的脂质水平进行了多祖先全基因组荟萃分析：其中混合非洲人或非洲人（99,432，6.0%）；东亚人（146,492, 8.9%）；欧洲（1,320,016, 79.8%）；西班牙裔（48,057, 2.9%）；南亚（40,963, 2.5%）；
血脂表型包括：低密度脂蛋白胆固醇 (LDL-C)、高密度脂蛋白胆固醇 (HDL-C)、甘油三酯 (TGs)、总胆固醇 (TC) 和非高密度脂蛋白胆固醇 (nonHDL-C)；
使用 Raremetal 对脂质水平进行祖先荟萃分析，总共发现了 773 个血脂相关的基因组区域，其中 237 个显著的基因组区域是新发现的。另外非洲祖先人群鉴定出了更多非洲特异性的脂质位点，可能原因是非洲人群的基因型频率与其他人群的差异较大，说明非洲人群具有更多的遗传多样性；

image

使用 MR-MEGA 进行多祖先荟萃分析，923 个基因座 (±500 kb)达到显著水平， 120 个基因座是新发现的；
对不同祖先的荟萃分析结果进行比较，发现祖先之间的效应值显著相关（R²= 0.93），但有 159 个变异位点的效应值在不同祖先群体中出现异质性。在 159 个变异位点中，31 个来自非洲、24 个来自东亚、67 个来自欧洲、20 个来自西班牙、17 个来自在南亚；
对显著位点进行精细定位， 407 个变异位点的后验概率超过90%，其中，56 个（14%）是错义突变，7 个（2%）是剪接变异，4 个（1 %) 是 stop-gain 变异位点（CD36、HBB、ANGPTL8、PDE3B)；
欧洲祖先的 99% 可信集变异位点中位数为 13，但在多血统分析中 99% 可信集变异位点中位数减少到 8 个，说明不同祖先的连锁不平衡（LD）模式和效应值差异可能有助于精细定位的分析。以 DMTN 基因的内含子变异 rs900776 为例，该位点周围有很多的高连锁位点，在欧洲祖先的后验概率为 0.51，在非洲祖先中后验概率增加到 0.86，在多祖先分析中后验概率则超过 0.99；

image

用多基因风险评分（PRS）评估不同祖先群体对 LDL-C 水平的预测能力，结果显示相对于祖先匹配的 PRS 分数，采用多祖先预测性能更佳，说明多祖先群体有助于 PRS 评分的改进;

image

文章链接：

https://www.nature.com/articles/s41586-021-04064-3

公开的资料：

GWAS meta-analysis results: http://csg.sph.umich.edu/willer/public/glgc-lipids2021
code: http://www.genepi-regensburg.de/easyqc

二、精细解读文献二

文献题目： Genetic basis to structural grey matter associations with chronic pain

不想看英文题目： 灰质结构与慢性疼痛的遗传基础

杂志和影响因子： Brain (IF: 13.5; Q1)

研究意义： 慢性疼痛患者的结构神经影像经常观察到局部灰质减少。然而，尚不清楚这种关联是否可归因于遗传因素。

结论：

慢性疼痛数据来自英国生物银行的 GWAS 汇总数据，脑部结构数据来自文献检索，包括大脑 MRI、灰质体积 (GMV) 和皮质厚度；
对慢性疼痛、28 个 GMV 区域以及 13 个皮质厚度表型进行遗传相关性分析，遗传相关性结果显示慢性疼痛与 GMV 和皮质表型均为负遗传相关（−0.15 到 −0.39 之间），说明慢性疼痛与 GMV 和皮质表型减少有关；

image

由于潜在因果变量 (LCV)在水平多效性方面鲁棒性能较好，为了进一步探究前面观察到的遗传相关性是由因果关系还是水平多效性引起的，作者采用 LCV 进一步分析负遗传相关的表型。LCV 揭示岛叶皮质厚度减少可导致慢性腹痛风险增加（r^G ( SE) = −0.25 (0.08), P = 1.06 × 10^-3 ; GCP (SE) = −0.69 (0.20), P = 4.96 × 10^-4 ）；

image

亮点：

这篇文章很短，只做了两个分析，选择解读这篇文章的原因有两个：

1）全文没有自己的数据，全是数据挖掘，适合没有数据的朋友；
2）LCV 在 post-GWAS 中不常见，但值得借鉴；

文章链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34907416/

公开的资料：

三、其他文献推荐

下面的文献也挺精彩的，但由于下不到原文，或博主时间有限，没法精细解读，故列出来供各位参阅；
当然，你们有精彩的文献想让我解读的（前提是一周内刚出炉的文献），可给我发pdf（然而可能种种原因，我不一定有时间解读，不要对我抱太高期待）；

文献题目： Single-cell delineation of lineage and genetic identity in the mouse brain

不想看英文题目： 小鼠大脑谱系和遗传特性的单细胞特征

杂志和影响因子： Nature (IF: 42.778; Q1)

文章链接：

https://www.nature.com/articles/s41586-021-04237-0

文献题目： Pan-cancer single-cell landscape of tumor-infiltrating T cells

不想看英文题目： 肿瘤浸润性 T 细胞的泛癌单细胞图谱

杂志和影响因子： Science (IF: 41.845; Q1)

文章链接：

https://www.science.org/doi/10.1126/science.abe6474

文献题目： Pangenomics enables genotyping of known structural variants in 5202 diverse genomes

不想看英文题目： 泛基因组学可对 5202 个不同基因组的已知结构变异进行基因分型

杂志和影响因子： Science (IF: 41.845; Q1)

文章链接：

https://www.science.org/doi/10.1126/science.abg8871

文献题目： Estimating the strength of selection for new SARS-CoV-2 variants

不想看英文题目： 新 SARS-CoV-2 变体的选择强度评估