2020-08-29 单细胞注释用到的基因标志物

传统的方法是无监督聚类+群标志物分类；或者根据已有单细胞数据集作为参考
CellAssign工具提出了一种根据已知gene marker set+贝叶斯模型&EM算法的分类方式：
文章中所用的基因标志物：

肿瘤研究中关心的上皮间质转换（EMT），包括CDH2和THY1的上调，以及CDH1的下调
缺氧相关标志物VEGFA，CA9， SLC2A1
详细说明参考原文献：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31501550/

至于怎么找到“manually revised markers”，这个就靠找文献了。持续更新吧。

+++++++++++2020/8/31更新+++++++++++++
Nucleic Acids Research发表了一篇文章，专门讲Cell Marker，还有一个很不错的网址：
http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/