[目录]哈医数据库④CellMarker、GPA

1.哈医数据库①Lnc2Cancer、Lnc2Meth、LncACTdb、MSDD
2.哈医数据库②miRSponge、Co-LncRNA、FACER
3.哈医数据库③LncMAP、LNCat

• 郑宝童的简书文档规划-V1 中已集齐哈医大近些年来发的数据库约30+，相应的文章蛮多都往NAR。tip:NAR比较倾向于接收数据库类型的文章。

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• 10.CellMarker

  • CellMarker简介

  • 作者开发了CellMarker数据库，旨在为人类和小鼠组织中的各种细胞类型提供一个全面、准确的cell marker资源。
    通过手工整理10万多篇发表论文，共记录了4124条信息，包括 cell marker information, tissue type, cell type, cancer information and source。最后，收集了158个人体组织/亚组织中467个细胞类型的13605个cell marker和81个小鼠组织/亚组织中389个细胞类型的9148个cell marker，并将其保存在CellMarker石济客专中。CellMarker提供了一个用户友好的界面，用于浏览、搜索和下载不同组织的不同细胞类型的marker。此外，通过一个生动的统计图，以图形和直观的方式显示了每种细胞类型中标记物的普遍性。

    
    CellMarker

• 用户可以用CellMarker做什么？

  • 浏览人和小鼠不同组织中不同细胞的cell markers
  • 检索人类和小鼠感兴趣的任何组织中特定细胞类型的cell markers
  • 通过生动的统计图获得每种细胞类型中cell markers的prevalence 。
  • 向CellMarker提交数据
  • 下载人和小鼠不同组织不同细胞类型的cell markers

• 相关文献
  CellMarker: a manually curated resource of cell markers in human and mouse. Nucleic Acids Research. 2018.

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• 11.GPA

  • GPA简介

  • 基因微扰图谱(GPA):一个单基因微扰资源库，用于描述编码和非编码基因的功能机制特征。
    （GPA）数据库全面收集了蛋白质编码基因、miRNA和lncRNA（transcriptome profiles of protein coding genes, miRNAs and lncRNAs ）的transcriptome profiles ，这些基因受到人类和小鼠中基因敲除或过度表达的干扰。GPA offers a wealth of information on differential expression patterns, comprehensive functional and pathway characterizations, enrichments of transcriptional factors and miRNAs, information flow in interaction network, and associations with cancers and drugs, together with extensive manually curated phenotype annotations.
    GPA包含超过3000个不同细胞类型的单基因干扰转录组（17769个样本），涉及628个蛋白质编码基因，95个miRNA，14个人类miRNA和731个蛋白质编码基因，39个miRNA，78个小鼠miRNA。

    
    GPA
    

    数据库help中也提供了详细的使用教程

    
    help

• 相关文献
  Gene Perturbation Atlas (GPA): a single-gene perturbation repository for characterizing functional mechanisms of coding and non-coding genes.

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