TCGA数据下载——用命令行下载

1、Data Transfer Tool准备

TCGA官网/GDC Apps/Data Transfer Tool/Getting Started/Data Transfer Tool page

Data Transfer Tool下载（1）.png
Data Transfer Tool下载（2）.png
Data Transfer Tool下载（3）.png
Data Transfer Tool下载（4）解压缩前后.png

2、准备manifest文件

• 以TCGA-CHOL RNA-Seq为例，下图所示

步骤 1）：bing(GDC TCGA)
步骤 2）：TCGA-CHOL

image.png manifest文件下载（1）.png
manifest文件下载（2）.png
manifest文件下载（3）.png
manifest文件下载（4）.png
manifest文件下载（5）.png
manifest文件下载（6）.png

插播：如果下载的RNAseq文件小于50m，可以直接点击12cart下载

manifest文件下载（7）.png

注释：先需要知道上面的manifest文件放在哪个盘，这里是D盘。并且将下载好的并解压后的Data Transfer Tool（gdc-client.exe）和manifest文件放在同一个文件夹下。

3、打开命令提示符

1.png

1）打开DOS

1

2. 切换到文件夹的盘，即D盘(D:+enter)
   2
   3)转到目的文件夹下面（）
   3
   4）下载命令（gdc-client.exe download -m gdc_manifest_20200216_120520.txt）
   4
   5）开始下载
   5
   6）压缩包的形式
   6
   1、借鉴来源(文字和视频)
   2、借鉴来源