生信入门教程合集（最后更新日期：2022.6.14）

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生信技能树的论坛、博客、公众号可真是个大宝藏呀，值得生信初学者挖一挖。同时本文也包含其它来源的教程

生物信息基础

1. 生物信息学基础知识
   记录日期：2022.2.16
   作者：曾健明老师
   网址：http://www.biotrainee.com/jmzeng/book/basic/database.html
   必须的基础知识。基础不牢，地动山摇的基础

2. 生物信息学最佳实践–基础篇（book）
   记录日期：2021.11.19
   作者：曾健明老师
   网址：http://www.biotrainee.com/jmzeng/book/basic/index.html
   内容：测序、数据格式、数据库资源、统计与可视化、软件安装配置、生物学基础知识、各组学简介以及一些编程实战题。

3. 生物信息学最佳实践（存放位置还是曾老师的gitbook）
   记录日期：2021.11.19
   作者：思考问题的熊
   网址：https://jmzeng1314.gitbooks.io/bioinformatics123/content/
   内容：算是基础篇的进阶版了，最后放了BSA流程和snp-calling流程

4. 生信编程题目与答案
   生信技能树 文章
   作者：jimmy
   听说你需要编程练习题？

R语言

1. Tidyverse Skills for Data Science
   记录日期：2021.12.06
   作者：Carrie Wright, Shannon E. Ellis, Stephanie C. Hicks and Roger D. Peng
   网址：https://jhudatascience.org/tidyversecourse/
   bookdown写的在线教材
2. 统计笔记（中文）
   作者：余光创老师
   写作时间：2016-05-24
   记录时间：2022.5.19
   网址：https://guangchuangyu.github.io/statistics_notes/index.html
   内容：R语言与统计学，先介绍了ggplot2绘图系统，然后介绍的R语言实现一些常见的统计分析。最后还有个RT-PCR数据处理的例子，看完我感觉我不会处理结果数据了。
3. ggtree: Elegant Graphics for Phylogenetic Tree Visualization and Annotation
   作者：余光创老师
   记录时间：2022.6.4
   网址: https://guangchuangyu.github.io/ggtree-book/short-introduction-to-r.html
4. Data Integration, Manipulation and Visualization of Phylogenetic Trees
   作者：余光创老师
   记录时间：2022.6.4
   网址：http://yulab-smu.top/treedata-book/
5. Guideline-for-Computational-Biology-and-Bioinformatics
   作者：高歌老师实验室
   记录时间：2022.6.5
   地址：https://github.com/gao-lab/Guideline-for-Computational-Biology-and-Bioinformatics
   内容：列出了生信学习的基础技能和高级技能。并对部分课程配有链接。
6. R语言进阶笔记
   作者：邓飞老师
   写作时间：2021.3.16
   记录时间：2022.6.6
   网址：https://dengfei2013.gitee.io/r-language-advanced/
   内容：邓飞老师的tidyverse包学习笔记。最后有100个问题可供练习。
7. Visualization, transformation and reporting with the tidyverse
   作者：Kirill Müller, Tobias Schieferdecker, Patrick Schratz
   写作时间：29 November 2019, 14:11 CET
   记录日期：2022.6.9
   网址：https://krlmlr.github.io/vistransrep/
   内容：tidyverse学习，作者对用到的数据和代码封装了一个包。

mysql

1. 生物信息学学者学习mysql之路：
   记录日期：2021.12.23
   作者：
   生信菜鸟团：http://www.bio-info-trainee.com/1045.html

docker

1. docker学习资源合辑
   记录日期：2022.2.22
   生信菜鸟团：http://www.bio-info-trainee.com/8938.html

组学笔记

1.病原微生物高通量测序数据分析笔记

记录日期：2022.2.6
作者：indexofire
笔记地址：https://ngs-data-for-pathogen-analysis.readthedocs.io/zh_CN/latest/index.html
中文笔记，成体系，最后更新日期是在2016年。

2.宏基因组

记录日期：2022.6.8
作者：生信技能树
示范 宏基因组分析 结题报告：http://www.biotrainee.com/jmzeng/html_report/d/e/e/p/i/n/MetaGenome_result/index.html
报告模板，也是学习组学的一个引导。

3. GEN242

记录日期：2022.6.14
网址：https://girke.bioinformatics.ucr.edu/GEN242/
介绍：加州大学一个分校的研究生课程。覆盖面很广。加载稍慢，不用翻。

多组学

1. eQTL：SNP-转录组表达量

MatrixEQTL (R包)

记录日期：2022.5.8
利用MatrixEQTL包自带数据分析的过程：http://jtleek.com/genstats/inst/doc/04_10_eQTL.html

Bioinformatics Collection

生信信息学集合
网站发现：该网址首见于《生信宝典》2022.4.22推文
“推荐一个生信学习教程 | 基础编程、GWAS、宏基因组、Nanorpore、转录组等”
记录日期：2022.4.23
网址：https://replikation.github.io/bioinformatics_side/
网站可能需要翻。
网站收集了一些课程、工具、编程、生信分析流程

• 纳米孔测序实战
  https://replikation.github.io/bioinformatics_side/sequencing/nanopore/
• Illumina测序实战
  https://replikation.github.io/bioinformatics_side/sequencing/illumina/
• GWAS
  https://replikation.github.io/bioinformatics_side/other_topics/gwas/
• RNA seq
  https://replikation.github.io/bioinformatics_side/other_topics/RNA_seq/
• 宏基因组
  https://replikation.github.io/bioinformatics_side/metagenome/metagenomics/
  ……
  还有很多其它内容，例如shell,R,工具使用，基因组注释

NGS Analysis

Next-Generation Sequencing Analysis Resources
地址：https://learn.gencore.bio.nyu.edu/
记录日期：2022.5.24
网站内容：简述了NGS常用格式，一些二代测序流程，也有单细胞测序内容。个人感觉不太适合新手。
特点：全英文，不需要翻。