微刊：Pacbio-Hifi宏基因组文献导读
2022-06-09 本文已影响0人
凌恩生物
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Nat Methods
译名：使用hifiasm-meta软件组装HiFi宏基因组
时间：2022-5-31
期刊：Nature methods
影响因子：30.822
DOI：10.1038/s41592-022-01478-3
以往利用NGS进行宏基因组测序有短读长、组装准确性低的缺点，三代HiFi测序的出现加上与之契合的组装软件，会实现更高水平的组装。哈佛大学医学院Dana-Farber癌症研究所李恒课题组推出三代HiFi宏基因组组装软件——hifiasm-meta。作者使用模拟菌群和实测样本，在7个经验数据集上进行评估，对比了现有多款软件的结果和性能，发现使用hifiasm-meta软件可以得到更多的环状MAGs，且性能上也比其他软件略胜一筹。
Nat Biotechnol
译名：从复杂的微生物群落中生成完整的宏基因组MAGs
时间：2022-5
期刊：Nature Biotechnology
影响因子：36.558
DOI：10.1038/s41587-021-01130-z
微生物群落中很多相似性高的种属（谱系），这些谱系使宏基因组组装变得复杂，难以生成完整的组装基因组（MAG）。该研究使用长读长HiFi和Hi-C组合的深度测序解决这一挑战。首先研究者对绵羊粪便进行宏基因组测序，鉴定出428个完整性超过90%的MAGs，其中44个MAGs位于单个圆形重叠群中。然后开发了MAGPhase软件，它通过区分基因组序列数百千碱基的SNP来分离组装近缘谱系。利用MAGPhase在数据集中确定了220个谱系的MAGs；利用Hi-C数据确定了1400个完整的和350个部分生物合成的基因簇（大多数是新的)，以及424个潜在的宿主-病毒关联。
