课前准备---肿瘤空间图谱：insights and oppor
作者，Evil Genius
现在理解为什么专利都去国外申请了，国内等不到审批结束就被盗版了，昨天跟美国的同事聊起这个盗版的事，他说国情如此，美国对于专利版权保护特别严格，一经查实，惩罚很重。
想想也有点后怕，我也买过盗版，现在很能理解作者的心情了，也明白为什么培训行业这么乌烟瘴气了。
实体瘤包括许多不同的细胞类型，它们在空间结构上排列有序，具有肿瘤内和肿瘤间的异质性。
关键点
1、空间分析技术能够全面观察具有多层空间组织的实体肿瘤的复杂细胞组成。
2、单细胞和空间图谱增加了对癌症生物学的理解，提供了关于细胞和空间结构的高分辨率信息，以及这些信息如何促进对治疗的反应和临床结果。
3、空间分析技术的进步有望成为未来改善癌症诊断和治疗的工具。
空间转录组技术
scRNA-seq versus SRT
scRNA-seq在描述肿瘤细胞成分方面的效用是毋庸置疑的，但这项技术面临着相当大的挑战，即它不能保存有关细胞物理组织的信息，而细胞物理组织是许多生物过程的重要方面。
Imaging-based SRT
基于成像的技术提供了最高的空间分辨率，可以解决组织切片中单个RNA分子的精确位置。这些技术中的许多都是基于单分子荧光原位杂交原理，即使用附着在荧光团上的互补DNA探针检测单个转录本。一旦探针与目标分子结合，转录本的细胞内位置就可以通过显微成像测量荧光团发出的光来确定。仪器制造商已经取得了进步，可以制造包含数千个基因的panel，比如Xenium和MERSCOPE。
In situ capture-based SRT
Visium、slides-seq、华大等空间平台。
空间数据的分析
- 图像分割
- 单细胞空间联合
整合分析促进了共定位模式的发现，并提供了对复杂的细胞间通信事件的见解，例如假定的受体-配体相互作用。
空间蛋白质组学技术
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CODEX
空间架构
细胞定位和共定位
研究人员可以通过使用空间技术绘制肿瘤细胞组成图来研究TME中不同细胞群的物理位置和共存情况。这种方法提供了有价值的见解，细胞相互作用和通信网络，驱动肿瘤进展和免疫反应在TME。空间反卷积显示细胞亚群具有明显的空间富集和共富集。
Cellular interactions
除了共定位外，配体-受体相互作用可以为细胞相互作用提供间接证据。
Cellular neighbourhoods
在更大的范围内，异型细胞可以组织在具有不同细胞组成和基因表达特征的多细胞niche或区域中，这表明细胞表型是由它们的局部生态位塑造的。在组织水平上，对肿瘤中心和周围的分析揭示了这些区域之间基因表达模式的差异。
空间与临床研究
临床运用
技术革新
Conclusions
空间图谱领域经历了变革性的发展，从用于同时表征少数转录本或蛋白质到无缝地提供整个器官的空间分辨率地图。尽管空间解析分析方法仍处于发展的早期阶段，但它们正在彻底改变我们如何检查细胞相互作用以及癌细胞与TME之间的结构关系。这些相互作用在定义肿瘤生物学和患者预后方面具有关键作用。癌症社区的临床需求将为最好地利用多模态空间和计算工具的可用调色板提供诊断和治疗癌症的新方法奠定基础。
