文献阅读（6）：Enrichment of oral-deriv

• 标题：Enrichment of oral-derived bacteria in inflamed colorectal tumors and distinct associations of Fusobacterium in the mesenchymal subtype
• 发表时间：2023/02/21

• 发表期刊：Cell Reports Medicine

  
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实验设计：

• 全转录组 RNA对来自 CRC 患者的 807 个肿瘤组织进行测序（Whole RNA Sequencing），以同时表征肿瘤和其中存在的微生物的基因表达。
• 将结果与两项荟萃分析的结果进行了比较，这两项荟萃分析检查了来自 CRC 患者和健康对照者的 208 份唾液和 852 份粪便样本中的微生物。
• 将发现与 TCGA 的 587 个样本进行了基准比较 基因组图谱 (TCGA)。

结果：

肠道和口腔细菌物种在肿瘤中普遍存在

• 使用Kraken和Bracken对807个RNA-Seq数据（non-human reads）进行表征。严格质控之后，保留了75个species（Figure 1A）
• 54个species（gut species）在肠道中prevalence高，20个（oral species）在口腔中更高（Figure 1B、C）【数据来源先前研究】
• 与健康供体（n = 568）相比，gut species的prevalence在CRC 患者（n = 284）的粪便样本中更高； 同样，CRC 患者（n = 24）的唾液样本中口腔类群更为普遍。
• 使用PathSeq进行验证。在 74 个species中， 43 个在 Pathseq 中具有等效。 Kraken 和 Pathseq 中所有 43 种疾病的流行率非常一致（Spearman Rho = 0.86，p = 2.2e-13；Figure 1C）
• 同样方法对587 个TCGA结肠和直肠样本分析（ poly-(A) enrichment RNA-Seq）。 当应用用于 AVANT 的 250 reads阈值时，在 TCGA 中仅检测到 20 个物种。 将阈值降低到 5 个reads可检测出所有 74 个物种； 然而，在这个阈值下，样本中又识别出了 1,030 个物种，包括许多已知的污染物。 这是 Kraken 在 AVANT 中映射每个物种 1,289 ± 19,659（平均值 ± SD）读数而在 TCGA 中仅为 15 ± 183 的结果，因此很难可靠地区分信号和噪声。