人类、小鼠、新冠病毒（SARS-CoV-2）参考序列下载

为了学习jimmy大神的视频，一直在努力重复他视频里的每一个步骤，结果linux都快学完了，才发现😅

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哎，反正我已经折腾的差不多了，就这样吧，jimmy大神的东西真的很全，也很用心，但也正因为太全了，太用心了，每到一个点就恨不得把相关的都告诉你，再加上我是按照他的他视频的顺序（第一个为‘生信人应该这样学linux’，弹幕也有吐槽逻辑有时候有些混乱，后来发现还要学点他的别的视频）学习，并且这是他很早以前录制的，可能那时候还没有完全弄好学习的顺序，尤其是对于小白，我就一步一步为了实现他视频里所有的东西，用各种办法，加上自己的想法来处理，吃了很多苦。但，我觉得这些苦没有白吃，也收获了很多，等我他的第一部分彻底弄完（已经进行到P11），我会做个jimmy哥的整理版给大家，是可以真正重复他的视频的，希望对大家有帮助。
因为我觉得git是可以觉得，但是纯正的Linux不论是未来你做生信，还是想自己做点什么都是离不开的好工具（这是我吃了很多苦，同时也感觉到很多快乐），今天先给大家提供几个数据的下载,大家最好养成建立目录的习惯，不要乱存数据，否则后面很难找，也很难重复别人的视频，比如参考序列尽量放在一个reference的目录下，然后再逐级建立目录。

下载gh38

cd ~/reference
mkdir -p genome/hg38  && cd genome/hg38
nohup wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg38.fa.gz  & 
gunzip hg38.fa.gz

命令说明

cd ~/reference #先进入reference目录，当然你没有的话cd reference建立一个就可以了

mkdir -p genome/hg38 && cd genome/hg38 #mkdir 是建立目录的意思，-P 是逐级建立，也就是再genome下再建立一个hg38；&& 是运行完前面的命令再运行后面的

nohup wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg38.fa.gz & # nohup是你关闭这个输入终端，仍然运行的命令；wget是ubuntu的一个下载命令；网址是下载地址；&这个是不显示前端

gunzip hg38.fa.gz #这是解压缩.gz的命令

下载 hg19

cd ~/reference
mkdir -p genome/hg19  && cd genome/hg19
nohup wget ttp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz &
tar zvfx chromFa.tar.gz
cat *.fa > hg19.fa
rm chr*.fa

命令说明

这个和上面的区别是压缩文件不一样，这个是tar.gz，所以需要解压gz和同时处理tar
命令就是tar zvfx；解压缩完是好多个chr*.fa；cat有很多用处，在这里是讲多个文件合并为一个；rm是删除之前解压出来的fa

下载小鼠

cd ~/reference

mkdir -p  genome/mm10  && cd genome/mm10

nohup wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/chromFa.tar.gz  &

tar zvfx chromFa.tar.gz

cat *.fa > mm10.fa

rm chr*.fa

命令说明

没啥说明的，和hg19一个意思

下载SARS-CoV-2基因组

多说一句，SARS-CoV-2这个是病毒名（这个是国际病毒分类委员会干的），COVID-19这个是疾病名（这个是WHO干的）不要搞混。当然命名是否合理是另一回事，确实容易有奇异，但也是有一定道理的，至少没像MERS（ME代表Middle East），来个WHRS这样就已经很庆幸了，这种利用最早发病地区命名的方式，是应该舍弃了，这种影响是无法估量的，但在数据库还是叫做wuhCor1，这个是2月7日上传的，而WHO命名是2月11日命名的，不能怪他。所以先按照他的方式下载下来，我们再自己改名字。

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这个是我自己根据上面的方式（jimmy哥的帖子），自己尝试的也欢迎大家指正，反正是下来了，也做了bwa的index，后面的再说。

cd ~/reference
mkdir SARS-CoV-2 && cd SARS-CoV-2
nohup wget https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/wuhCor1/bigZips/chromFa.tar.gz &
tar zvfx chromFa.tar.gz

今天先到这里